Mots-Clés

bioanalyse workflows

Description

Ingénieur•e en bioanalyse, validation de workflows H/F

Référence : UAR3601-JACVAN-005
Lieu de travail : EVRY COURCOURONNES
Date de publication : lundi 12 septembre 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2.622 et 3.332 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La personne recrutée aura en charge la mise en place de workflows bioinformatiques pour typer avec précision des échantillons (méta)génomiques de bactéries résistantes aux antibiotiques afin d'en identifier le « séquence type » et le classifier sur la base de nomenclatures universelles. Les séquences bactériennes seront collectées et analysées dans la plateforme numérique ABRomics[1] (ou en externe en attendant son opérationnalité), dont le développement est assuré par un consortium d'une quarantaine d'équipes incluant des informaticiens, biologistes, cliniciens et bioinformaticiens. Cette plateforme visera à mettre en évidence la diffusion de bactéries multi-résistantes et sous-tendra des activités de surveillance épidémiologique aussi bien que de recherche.
[1] https://www.france-bioinformatique.fr/actualites/abromics-une-plateforme-numerique-sur-la-resistance-antimicrobienne-pour-stocker-integrer-analyser-et-partager-des-donnees-multi-omiques/

Activités

1. Evaluation de workflows d'analyses de données métagénomiques pour la classification des bactéries sur la base du multilocus sequence type (MLST) et du core genome MLST, afin d'ouvrir de nouvelles perspectives de suivi épidémiologique par métagénomique.

2. Mise en place d'un système d'interopérabilité, comme Application Programming Interface (API), entre les bases de données de taxonomie génomiques (cg)MLST à libre accès (i.e., BIGSdb-Pasteur[1] et PubMLST[2]) et la plateforme ABRomics afin de rendre disponibles les données et les fonctionnalités des plateformes existantes aux utilisateurs d'ABRomics, tout en assurant la compatibilité des résultats généré par les deux systèmes.

3. Contribution à l'implémentation des workflows de typage de souches bactériennes dans la plateforme et la rédaction d'articles scientifiques.

[1] https://bigsdb.pasteur.fr/
[2] https://pubmlst.org/

Compétences

Compétences techniques et expérience :
- Application des outils bioinformatique pour l'analyse des données (méta)génomiques
- Rédaction d'articles scientifiques et de procédures d'analyse
- Trouver des solutions techniques à une problématique donnée
- Formation ou expérience en Bioinformatique
- Application des outils bioinformatique pour l'analyse des données (méta)génomiques
- Rédaction d'articles scientifiques et de procédures d'analyse
- Trouver des solutions techniques à une problématique donnée
- Langages de programmation (Bash, Python et/ou - Expérience en validation d'outils bioinformatiques serait un plus
- Culture du Logiciel Libre et Open Data

Langues:
- Bonne connaissance du français oral et écrit
- Compréhension de l'anglais oral et écrit

Compétences additionnelles appréciées:
- Maîtrise de l'environnement Linux/Unix, environnements virtuels, Conda
- Utilisation de Git

Connaissances à mettre en oeuvre:
- Bonnes connaissances en biologie et génomique
- Bonnes notions en programmation (Bash, Python fortement souhaité, R)
- Connaissance en biostatistiques/analyse de données
- Connaissance du fonctionnement des API et des webservices
- Connaissance d'un environnement de cluster de calcul
Savoir-faire:
- Sens de l'organisation
- Prise de parole en public
- Autonomie technique et gestion des priorités

Savoir-être:
- Travail en équipe
- Être force de proposition
- Qualités d'écoute et de synthèse avec des interlocuteurs techniques et non techniques

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; https://france-bioinformatique.fr/) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI). L'IFB a pour missions : (1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ; (3) d'anticiper les futurs développements du domaine ; (4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ; (5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets associés à la bioinformatique ; (6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel ; (7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.

Dans le cadre de ces missions, l'IFB (www.france-bioinformatique.fr) a entrepris un projet national pour la mise en place d'un plateforme pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotiques (ABRomics) en collaboration avec l'Institut Pasteur (IP) https://www.pasteur.fr/. Dans ce but, l'IFB recrute un•e ingénieur•e d'études afin de déployer, appliquer et évaluer de workflows bioinformatiques pour le typage moléculaire de séquences génomiques et métagénomiques de bactéries résistantes aux antibiotiques afin d'en identifier le « séquence type » et le classifier sur la base de nomenclatures universelles depuis la plate-forme ABRomics. La personne recrutée travaillera à l'IP sous la responsabilité de Sylvain Brisse et Federica Palma, et évoluera en étroite relation avec le hub de Bioinformatique et Biostatistique afin d'informer et de coordonner ses actions (Rocketchat, Teams, Gitlab).

NOTE D'ATTENTION: pour des raisons administratives le poste est affiché sur Evry, mais il sera localisé au Hub Bioinfo de l'Institut Pasteur de Paris.

La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des événements scientifiques.