Ingénieur.e d’étude en traitement de données - Bio-informaticien.ne

 CDD · IE  · 12 mois (renouvelable)    Bac+5 / Master   Laboratoire · Nantes (France)  En fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.

 Date de prise de poste : 2 janvier 2023

Mots-Clés

Bio-informatique Génétique, Transcriptomique Epigénétique

Description

L’agent se verra confier l’analyse bio-informatique de données génétiques, transcriptomiques et épigénétiques en collaboration avec les membres de l’Équipe IV (Cardiometabolic Diseases), de l’équipe I (Human genetics) et de la plateforme de bio-informatique GenoBiRD de l’institut du thorax (https://umr1087.univ-nantes.fr).

Missions principales
Développer, tester et implémenter des pipelines d’analyse bio-informatique
Analyser des données et discuter des résultats avec les membres de l’équipe
Mettre en forme des résultats en vue de publications
Organiser le stockage des données
Assurer un support pour les étudiants en thèse du groupe
Conseiller et former aux techniques et outils développés (stagiaires…)
Participer aux réunions de recherche et développement de nouvelles approches
Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Interactions
Possibilité de participer aux groupes de travail de la plateforme BiRD
Lien étroit avec les cliniciens et généticiens de l’institut du thorax et les biostatisticiens de la Clinique des
Données du CHU de Nantes dans le cadre de projets de recherche translationnelle

Connaissances
Recueil, analyse et traitement des données
Maitrise des différents langages de programmation
Utilisation d’un cluster informatique
Maitrise du travail sous linux en ligne de commande ('bash')
Être familier avec les formats de fichiers associés au séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF...)
Maitrise de langages de programmation compilés (java/c/c++), scripté (python/perl) ainsi que le langage 'R' Maitrise des gestionnaires de pipelines (make/snakemake/nextflow)
Rédaction et mise à jour de procédures

Aptitudes
Interactions indispensables avec l'ensemble des interlocuteurs
Ouverture à la collaboration inter-disciplinaire et au travail en équipe
Capacité de raisonnement analytique
Être en mesure d'assurer la reproductibilité de ses résultats
Organisation du travail afin d’aboutir à des scripts robustes et documentés, sauvegardés et partagés sur serveur git
Autonomie, sens de l’organisation et pédagogie

  • Durée : 12 mois (revouvelable)
  • Fiche de poste détaillée
  • Candidature : envoyer CV et lettre de motivation à Antoine Rimbert (antoine.rimbert@univ-nantes.fr)
  • Date limite de candidature : 12 octobre 2022
  • Date de prise de fonction : 02 janvier 2023


    Liens vers l'offre d'emploi:
    https://umr1087.univ-nantes.fr/research/research-teams/ingenieur-e-detude-en-traitement-de-donnees-–-bio-informaticien-ne-1

Candidature

Procédure : Envoie de CV et lettre de motivation par mail.

Date limite : 12 octobre 2022

Contacts

Antoine Rimbert

 anNOSPAMtoine.rimbert@univ-nantes.fr

 https://umr1087.univ-nantes.fr/research/research-teams/ingenieur-e-detude-en-traitement-de-donnees-–-bio-informaticien-ne-1

Offre publiée le 19 septembre 2022, affichage jusqu'au 30 octobre 2022