Stage M2 - Développement de méthodes intégratives pour l'analyse de l'ADN libre circulant

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   CEA-CNRGH · Evry (France)

 Date de prise de poste : 2 janvier 2023

Mots-Clés

ADN libre circulant NGS Méthylation Fragmentation

Description

Le CNRGH est le centre national de recherche français qui permet de répondre aux questions scientifiques
nécessitant des besoins de séquençage et de génotypage à haut débit grâce au développement et à la mise en
œuvre de technologies innovantes et intégrées. L'organisation du CNRGH permet d'optimiser la recherche en
génétique et en génomique des maladies humaines, en créant les liens indispensables entre la constitution des
cohortes (échantillons d'ADN), l'identification des gènes responsables, l'étude du transcriptome et de
l'épigénome.


En tant que coordinateur du WP6 (Développement de méthodes de laboratoire), le CNRGH et les partenaires
d'EASI-Genomics développeront des méthodologies et des pipelines pour analyser les données de séquençage
Illumina à lecture courte et les données de séquençage Oxford Nanopore à lecture longue.


Dans le cadre de ce projet, l’équipe de recherche de biomarqueurs développe des méthodes de séquençage et
d’analyse de l’ADN circulant afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs non-invasifs de maladies complexes,
telles que les maladies neurodégénératives.


L’analyse des profils de méthylation et de fragmentation de l’ADN libre circulant est un domaine de recherche
récent visant à identifier les tissus ou les cellules d’origines des fragments d’ADN présents dans les bio-fluides.
Ces deux approches sont actuellement développées indépendamment au sein de l’équipe.


L’objectif du stage est de développer des méthodes d’analyse combinant à la fois les profils de méthylation et
de fragmentation des données de séquençage de l’ADN libre circulant de bio-fluides.

Objectifs du stage:
• Développement de méthodes intégratives pour l’analyse de l’ADN libre circulant
• Traitement des données de séquençage NGS
• Analyse statistique des données
• Identification de biomarqueurs circulants

Profils :
• Etudiant(e) en bioinformatique et/ou biostatistique (Bac +5 ou Master 2)
• Bonne connaissance des langages de programmation: R, bash et Python
• Bonne connaissance en statistiques et machine learning
• Familier avec les systèmes de gestion de versions (Git)
• Connaissances en biologie moléculaire
• Maîtrise de l’anglais

Candidature

Procédure : Merci d'adresser votre candidature: CV, lettre de motivation et références par e-mails à Florence Mauger (mauger@cng.fr) et Alexia Rabec (alexia.rabec@cnrgh.fr)

Date limite : 21 novembre 2022

Contacts

Florence Mauger

 maNOSPAMuger@cng.fr

Offre publiée le 22 septembre 2022, affichage jusqu'au 21 novembre 2022