INGÉNIEUR EN BIOINFORMATIQUE
CDD · Ingénieur autre · 12 mois Bac+5 / Master CHU de Lille · Lille (France)
Date de prise de poste : 1 décembre 2022
Mots-Clés
SHD HOPITAL PATIENT NEXTFLOW
Description
MISSION(S) PRINCIPALE(S)
Le plateau commun de biologie moléculaire du CHU de Lille dispose d’une équipe de bioinformatique mutualisée entre les différentes thématiques du Pôle de Biologie Pathologie Génétique du CHU de Lille : Institut d'Hématologie, Institut de Génétique, etc.
Nous recrutons un bioinformaticien qui sera intégré dans l’équipe de bioinformatique pour renforcer l’activité d’oncologie tumorale. Le bioinformaticien aura pour mission le déploiement de pipelines d’analyses de données et l’analyse des données de séquençage haut débit générées.
La mission principale consistera à développer, organiser et animer les activités de bioinformatique pour l’activité de cancérologie en lien avec l’équipe de bioinformatique :
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Réaliser le passage de l’activité de la technologie amplicon vers la technologie de capture.
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Mettre en place les outils bioinformatiques adaptés pour les analyses somatiques sur les tumeurs et le circulant (Charges mutationnelles, MSI, HRD).
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Mettre en place les outils bioinformatiques pour l’analyse de données de RNA-seq (détection de fusions).
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Participer à la rédaction des rapports et à la valorisation des résultats
Sa fonction est assurée au sein de l’équipe bioinformatique du pôle et en concertation avec les biologistes et le responsable du projet. L’ingénieur assurera également des missions communes au pôle, dites d’intérêt général, en appui de l’équipe de bioinformatique.
CONNAISSANCES SOUHAITEES
- Bioinformatique
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Gestionnaire de workflow (Nextflow ou autre)
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Conteneurisation des applications (Singularity, Docker)
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Environnement Linux
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Bonne maîtrise des langages de programmation couramment utilisés
- Recueil, analyse et traitement des données biologiques issues du séquençage haut débit.
- Connaissance de base en biologie moléculaire.
- Informatique
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Versionning de code et intégration continue
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Calculs distribués sur cluster
- Maîtrise de la langue anglaise (niveau B2 et C1)
APTITUDES PROFESSIONNELLES
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Rigueur scientifique et sens de l’organisation
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Esprit d’équipe
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Travail en interaction avec différents corps de métier
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Rédaction de comptes rendus et de rapports scientifiques
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Capacité de priorisation des projets au fil de l’eau
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Qualités pédagogiques
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Savoir argumenter ses choix et en référer
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Autonomie
EXPÉRIENCE SOUHAITÉE
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Expérience dans le domaine de la bioinformatique associée au séquençage haut débit est un prérequis.
NIVEAU DE DIPLÔME ET FORMATION(S)
Thèse d’Université, diplôme d’Ingénieur, Master avec spécialisation en bioinformatique.
Date de prise de fonction : 1er décembre 2022
Temps de travail : Temps plein
Date limite de candidature: 15 octobre 2022
Candidature
Procédure : Envoyer un mail avec CV et LM à bioinfo@chu-lille.fr et martin.figeac@univ-lille.fr
Date limite : 15 octobre 2022
Contacts
Martin Figeac
biNOSPAMoinfo@chu-lille.fr
Offre publiée le 23 septembre 2022, affichage jusqu'au 15 octobre 2022