Mots-Clés
Innovation – Biodiversité – Collaboration
Description
La structure que vous allez rejoindre
Les recherches au sein de l’unité DIADE (UMR Diversité Adaptation et Développement des plantes) s’intéressent à la biodiversité des plantes, leur adaptation à différents environnements et leur développement. Dans un contexte de changement climatique et, plus généralement, de changements globaux, l’unité cherche à décrire la biodiversité et comprendre la réponse des plantes à ces changements pour contribuer à un développement durable. L’unité s’intéresse particulièrement aux plantes tropicales, les régions tropicales régions étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zones de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l’environnement et de demande accrue en productions végétales. L’unité conduit ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie. Elle cherche à les développer en utilisant les outils de la génomique pour mieux décrire la biodiversité et comprendre le développement et les processus d’adaptation des plantes.
Une mission attractive
Sous la responsabilité de Thomas Couvreur, Directeur de Recherche, votre mission consistera à apporter un soutien méthodologique au projet de recherche ERC GLOBAL et à contribuer au développement de la plateforme Web de gestion et visualisation de données, notamment de données spatialisés et de séquences ADN NGS. (I) Vous participerez activement à définir les besoins pour la collecte et le stockage de grands jeux de données complexes, développerez les outils nécessaires et participerez à la réalisation des analyses. (II) Vous proposerez des méthodes de gestion de flux de données et leur accessibilité entre les différents partenaires. (III) Vous maintiendrez la plateforme et mettrez en œuvre une documentation détaillée pour son utilisation. Vos activités seront les suivantes :
Activités principales :
- Gérer les flux de données et leur stockage et accessibilité.
- Organiser et réaliser le recueil et la collecte des données brutes, le contrôle qualité et la préparation pour l’analyse.
- Concevoir, développer la base de données et automatiser l’import des données.
- Développer l’interface Web de consultation et visualisation des données.
- Participer à la dissémination scientifique (articles méthodologiques, et sections méthodes des articles de recherche).
- Assurer la veille logicielle et se former sur les nouvelles méthodologies.
Activités secondaires :
- Organiser des formations régulières aux outils développés.
Votre future équipe
Vous intègrerez une équipe multiculturelle et dynamique composée de 72 permanents techniciens, ingénieurs et chercheurs basée à Montpellier.
Le profil que nous recherchons
Vous avez développé les compétences suivantes :
- Développeur full-stack.
- Expérience dans l’utilisation de gestionnaire de sources (GitLab), intégration continue.
- Maîtrise des méthodologies de modélisation telle que UML .
- Maîtrise des langages de programmation Bash, Python, R, NodeJS, SQL.
- Connaissance avancée des SGBD souhaitée (PostgreSQL est un plus).
- Connaissance des SGBD NoSQL (par exemple MongoDB, Neo4J).
- Maitrise des techniques de containerisation (docker).
- Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux.
- Qualités rédactionnelles et de communication.
- Esprit de synthèse, capacité d’écoute et d’analyse.
- Maîtriser l’anglais technique du domaine (B1-B2)
- Avoir des connaissances en biologie / bioinformatique serait un plus.
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.
- Transférer son savoir-faire en interne et externe.
Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :
- Capacité à travailler en équipe.
- Bonnes capacités relationnelles.
- Aptitude à la conduite de projet.
- Sens des responsabilités.
Vous possédez un diplôme de niveau 7 (master 2) en informatique, science des données, informatique scientifique, Devops, simulation numérique, calcul scientifique.