Mots-Clés

Génomique Métagénomique Base de données MySQL Python Django Amibes

Description

Description :

Les amibes sont des protozoaires eucaryotes unicellulaires qui peuvent vivre sous forme parasite, ou évoluer librement dans les sols et les milieux aquatiques (eaux douces). Les amibes libres appartiennent à différents genres dont certaines sont responsables de pathologies humaines, en particulier d’encéphalites mortelles. N. fowleri, notamment, est responsable de méningo-encéphalite amibienne primitive (MEAP), pratiquement impossible à traiter, avec un taux de mortalité supérieur à 97%.

En Guadeloupe, une étude a révélé la présence de N. fowleri au moins une fois dans la plupart des bains chauds. Le sol était le réservoir de ces amibes, et l’hypothèse est que l’eau se contaminerait en circulant sur le sol avant de rejoindre les bains. Cependant, malgré la fréquentation importante des bains chauds en Guadeloupe, un seul cas mortel y a été confirmé jusqu’ici, et moins de 300 en tout dans le monde. Etant donné que les symptômes de la MEAP sont très similaires à ceux de la méningite bactérienne ou virale, il est fort probable que le nombre de patients infectés par N.fowleri soit sous-estimé. Le réchauffement des eaux douces naturelles (mais aussi des piscines) dû à des activités industrielles, à la pollution et au réchauffement climatique pourrait contribuer à l’augmentation du nombre de cas dans le monde. Il est donc important de développer de nouvelles thérapies (antibiotiques plus efficaces, anticorps neutralisants ou autres) mais aussi des outils de diagnostiques performants. Pour cela, il est essentiel de mieux comprendre la biologie de N.fowleri, et en particulier, élucider les mécanismes de virulence.

Afin d’améliorer la compréhension des mécanismes de pathogenèse de N. fowleri, nous travaillons sur i) l‘assemblage, l’annotation et la génomique comparative de nouveaux génomes d’amibes du genre Naegleria isolées en Guadeloupe et ii) l’analyse globale et sans a priori des interactions entre N. fowleri et leurs hôtes par des approches de type « omics » (transcriptomique / protéomique).

Pour en savoir plus : http://www.pasteur-guadeloupe.fr/amoebae_team/Axis.html

Ces analyses représentent un gros volume de données qui ont besoin d’être organisées, et présentées de façon pratique et facile d’accès. Ce stage sera donc dédié à la création d’une base de données ainsi que d’une interface web associée. Plusieurs fonctionnalités seront inclues en fonction des besoins de l’équipe qui permettront notamment : la filtration des données selon des critères utilisateurs, la génération de graphes, la création de liens vers des bases de données publiques, etc… La personne recrutée aura également à charge de former les futurs utilisateurs et d’écrire quelques scripts pour simplifier/automatiser l’ajout de données.

Compétences attendues :
-    Gestion d’une base de données (MySQL)
-    Développement web (Django, HTML, CSS, JavaScript)
-    Langage de programmation : Python, SQL
-    Des bases en anglais
-    Des connaissances ou un intérêt pour la biologie (génomique, métagénomique) seraient un plus.

Unité d’accueil :
Le stage se déroulera dans les laboratoires de l’Institut Pasteur de Guadeloupe au sein de l’équipe Amibes. Début janvier. Durée du stage : 5 mois.

Envoyer votre CV et lettre de motivation à : Mme MARCELINO Isabel, IMarcelino@pasteur-guadeloupe.fr et M. GUERLAIS Vincent, VGUERLAIS@pasteur-guadeloupe.fr