Mots-Clés

génomique, cancer du foie, biomarqueurs thérapeutique

Description

Ingénieur(e) d’Etudes en Bioinformatique/analyse de données – CDD 1 an renouvelable 2 ans, Paris Centre de Recherche des Cordeliers, Inserm UMRS 1138 équipe FunGeST

RESUME DU POSTE

L’équipe « Génomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides » FunGeST (Inserm U1138, Université de Paris, Sorbonne Université), dirigée par la professeure Jessica Zucman-Rossi est localisée au Centre de Recherche des Cordeliers dans le 6ème arrondissement de Paris et recrute en CDD (12 mois renouvelable 24 mois), un(e) Ingénieur(e) d’Etudes en bioinformatique pour faire de l’analyse bioinformatique de données génomique et biologiques.

Le poste est à pourvoir à partir de janvier 2023

PRÉSENTATION DE LA DIRECTION/STRUCTURE D’ACCUEIL DU POSTE

L’équipe « Génomique Fonctionnelle des tumeurs solides, FunGeST » dirigée par le Pr Zucman-Rossi est leader international dans le domaine de la génomique des tumeurs du foie, du mésothéliome et des tumeurs induites par des virus. http://zucmanlab.com/

Le Centre de Recherche des Cordeliers (CRC) a une renommée internationale, il compte 17 équipes de recherche et 4 plateformes technologiques. Le CRC a pour tutelles principales l’INSERM, Sorbonne Université et l’Université de Paris. Les projets de recherche portent principalement sur l’étude des mécanismes impliqués en cancérologie, immunologie, métabolisme et physiopathologie. https://www.crcordeliers.fr/

ENCADREMENT

L’ingénieur(e) travaillera sous la supervision de Sandra Rebouissou (Chargée de recherche Inserm) et Jean-Charles Nault (Professeur de l’Université Paris Nord), responsables scientifiques des projets, avec le soutien de la plateforme de bioinformatique du CRC (Aurélien de Reyniès).

ACTIVITES ET MISSION

Activités

• Utiliser des outils bioinformatiques préexistants et en développer de nouveaux au besoin
• Comprendre la problématique biologique et les questions posées
• Apporter un conseil et un soutien bioinformatique auprès des biologistes de l'équipe
• Interagir avec les expérimentateurs et bioinformaticiens de l'équipe et des équipes collaboratrices
• Participer aux réunions de laboratoire, diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports, présentations orales

Missions

Notre équipe cherche à améliorer le traitement des patients atteints de cancer du foie. Pour cela, nous développons des approches de génomique des tumeurs humaine et nous développons des modèles pré-clinique de sensibilité aux médicaments. L’ingénieur bioinformaticien sera chargé d’analyser des données génomiques et biologiques (altérations génétiques, transcriptome, miRome, protéome, méthylome). L’objectif est de développer des outils d’analyses permettant d’étudier les corrélations entre les profiles moléculaires et les réponses pharmacologiques afin de dériver des biomarqueurs prédictifs de leur efficacité et de mieux comprendre les déterminants de la réponse thérapeutique.

PROFIL RECHERCHÉ

Compétences et aptitudes souhaitées

• Avoir des compétences en statistiques et génomique
• Maitrise des langages de programmation R, Perl, Python, (java et sql serait un plus)
• Avoir des notions de docker-nextflow ou équivalent serait un plus
• Collecte, traitement et analyse des données de génomiques à grande échelle : whole-exome, RNAseq/single-cell RNAseq, methylome
• Savoir interagir avec des personnes ayant des horizons et intérêts variés (biologie, bioinformatique, etc.).
• Etre autonome et savoir travailler en équipe
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine de compétence
• Anglais écrit et parlé

Formation et expérience nécessaires

Diplôme (bac+5) de Master 2 en bioinformatique. Une expérience en bioinformatique dans un laboratoire de biologie serait souhaitée. Avoir une expérience dans l’analyse de données génomiques serait un plus.

MODALITES DE CANDIDATURES

Merci d’envoyer votre CV détaillé ainsi qu’une lettre de motivation à : sandra.rebouissou@inserm.fr  et naultjc@gmail.com et indiquer les coordonnées (e-mail ou numéro de téléphone) d’au moins une personne référente

TYPE DE CONTRAT

CDD 12 mois renouvelable 24 mois

Quotité : 100%

Salaire : Selon les grilles salariales de l’Inserm, en fonction des diplômes et de l’expérience