Mots-Clés

metabolomique web sémantique science ouverte

Description

Objectifs du stage

Produire une ontologie adaptée au domaine de la métabolomique et les supports méthodologiques d’accompagnement de la démarche

Déroulement du stage

A partir des spécifications du projet MetaSaurus et de la description des étapes d’intégration de données en métabolomique, le projet consistera à élaborer la première version d’une ontologie dédiée à la métabolomique. Vous étudierez les modalités de réutilisation des ressources sémantiques existantes en lien avec la maintenance de cette ontologie (mis en œuvre des principes OBO) et intégrerez l’environnement de gestion de l’ontologie dans une forge logicielle. L’implémentation de l’ontologie sera réaliser au format OWL. Cette démarche fera l’objet d’une proposition de méthodologie générique qui pourra être transposée à d’autres cas d’études.

Compétences requises

Étudiant de niveau master 2 avec :
– Connaissances générales des standards du web sémantique (OWL/RDF) et des outils : Protégé, Github.
– Aptitude à la rédaction de documentation technique
– Maîtrise de l’anglais technique (lu)

Lieu du stage : Site INRAE - Le Rheu (35)

En rejoignant INRAE, vous bénéficierez (selon le type de contrat et sa durée) :
– d'une restauration collective ;
– d'activités sportives et culturelles.

Environnement scientifique

Vous serez intégré dans l’équipe RCA (Rendement sous Contraintes Abiotiques) de l’unité IGEPP (Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes) et vous travaillerez au sein de l’équipe informatique de la plateforme P2M2 3 (plateau de profilage métabolique et de métabolomique) dédiée aux analyses de produits du métabolisme végétal. P2M2 dispose d’une infrastructure informatique associée à plusieurs équipements dédiés (systèmes de spectrométrie de masse couplés à des systèmes de chromatographie gazeuse et de chromatographie liquide) pour l’analyse, la caractérisation et la quantification de composés biochimiques complexes dans des matrices végétales. Le stage se déroulera en interaction étroite avec les ingénieurs de la plateforme « Exploration du Métabolisme » PFEM 4 et la DipSO 5 , Direction pour la Science Ouverte en charge de l’accompagnement à l’ingénierie des ressources sémantiques à INRAE (sites d’Angers et de Nantes).

Réunion régulières avec les partenaires du projet en visio-conférence et en présentiel.