Mots-Clés

Metabolomique Bioanalyse biochimie bioinformatique

Description

Évaluation de la couverture métabolique des approches analytiques utilisées pour les études métabolomiques de larges cohortes

Contexte : La PFEM (plateforme d'exploration du métabolisme) est une infrastructure scientifique collective INRAE, dont l'équipe MSM (Métabolisme et Spectrométrie de Masse) est dédiée à la métabolomique. L'intérêt principal de recherche de la PFEM concerne en particulier le développement de méthodes analytiques basées sur la spectrométrie de masse et d'outils bioinformatiques pour l'étude des relations entre nutrition et santé : profilage métabolique par des approches multiplateformes dans les biofluides et les tissus, développement de stratégies analytiques pour l'identification de biomarqueurs à l'aide d'outils de spectrométrie de masse et bioinformatiques, développement de modèles et d'outils pour améliorer l'extraction de connaissances à partir de données de haut débit. La PFEM est un des membres fondateurs de l'infrastructure d'avenir MetaboHUB (MTH). Le stage s’inscrit dans le cadre du Workpackage 1 du projet MetaboHUB 2.0 qui consiste à développer et mettre en œuvre des méthodes non ciblées de métabolomique large-échelle dédiées aux études de cohortes humaines. Il aura pour objectif l’étude la couverture métabolique des méthodes analytiques proposées.

La personne recrutée sera donc chargée de :
- Evaluer la couverture métabolique des approches métabolomiques sur cohortes, en fonction des méthodes analytiques et matrices biologiques ;
- Cartographier les métabolites d’intérêts dans les voies métaboliques concernées, en utilisant les outils de visualisation adaptés ;
- Proposer une contextualisation des données pour le rendu des résultats de profilage large-échelle (ratios, sommes de métabolites...).
Environnement et contexte de travail : Le stage sera réalisé sur le site Theix du centre Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes d’INRAE. Il se positionne au sein de la PFEM, structure multidisciplinaire autour de la métabolomique. En particulier, la personne recrutée interagira avec les analystes, statisticiens et bioinformaticiens de la plateforme.

Profil recherché : Bioanalyse - biochimie – bioinformatique
Langue(s) : Français et/ou Anglais
Compétences souhaitées :
- Capacité de travailler à l’interface de groupes de recherche de disciplines scientifiques complémentaires (biologie, chimie, bioinformatique)
- Maitrise des outils de bureautique (exemple : Excel)
- La connaissance de langages de programmation est un plus