Bio-informaticien

 CDD · Ingénieur autre  · 12 mois    Bac+5 / Master   Institut Bergonié · Bordeaux (France)  37 423

 Date de prise de poste : 1 novembre 2022

Mots-Clés

bio-informatique cancérologie médecine santé

Description

L’institut Bergonié est un centre labellisé de lutte contre le cancer qui allie soin et activité de recherche. Il est doté d’une direction Données et santé numérique (DDSN) en charge de l’innovation organisationnelle et technologique, du développement du soin à l’aide de dispositifs de santé numérique, du traitement et études de données de vie réelle, du traitement bio-informatique de la médecine de précision. Cette direction regroupe une quinzaine de personnes, principalement des ingénieurs possédant une double compétence en santé et en informatique constituant l’unité bio-informatique, à laquelle vous serez rattaché(e).

Mission principale :

Vous travaillerez à l’intégration des données cliniques / multi-omiques ainsi que les flux de données avec l’écosystème des logiciels associés en assurant l’interopérabilité des données. Vous valoriserez les données intégrées par le développement d’interfaces pour les cliniciens et biologistes.

Activités générales :

  • Assurer les activités de structuration, standardisation, import de données et dévelopement de l’outil REDCap.
  • Aider au design de nouveaux projets REDCap et répondre aux demandes d’extractions.
  • Créer des interfaces de fouille et mise à disposition de données.
  • Mettre en place et automatiser les flux de données entres les sources et les applications.
  • Rédiger la documentation liée aux activités et former les utilisateurs.

Activités spécifiques :

  • Assurer la cohérence des traitements de données avec la réglementation.
  • Corriger et compléter les données
  • Interagir avec les biologistes et cliniciens en adéquation avec les besoins des projets.
  • Travailler en équipe avec autres bio-informaticien de l’unité pour la bonne articulation des différents projets

Profil attendu :

  • Ingénieur informatique (biologie/santé), Master bio-informatique ou informatique médicale, équivalent …
  • Appétence pour les données
  • Expérience dans la compréhension et la manipulation des données génomiques
  • Connaissance en cancérologie est un plus

Compétences requises :

  • Travail sous environnement linux
  • Maitrise du langage Python
  • Gestion de version Git
  • Connaissance en PHP
  • Connaissance en virtualisation (Docker)
  • Autonomie et capacité d’apprentissage rapide

Atouts du poste :

  • Accessibilité: transports en commun à proximité, places de parking, parking vélos sécurisé.
  • Prise en charge de l’abonnement transport en commun à 60% ;
  • Comité Social et Économique : chèques cadeaux, chèques rentrée scolaire, places de cinéma… ;
  • Restauration collective sur place avec tarif préférentiel (3,26€) ;

Plage horaire :

  • Lundi au vendredi
  • 39h/ semaine
  • 22 RTT + 25 congés payés
  • Télétravail possible sous réserve de l’accord du supérieur hiérarchique

Rémunération 

  • Catégorie selon grille de rémunération des CLCC,   37,4 K€  bruts/an.

Candidature

Procédure :

Date limite : 20 novembre 2022

Contacts

Service recrutement

 beNOSPAMrgonie.recrutement@bordeaux.unicancer.fr

Offre publiée le 20 octobre 2022, affichage jusqu'au 30 novembre 2022