Stage M2 - Etude NGS intégrative de la résistance aux antibiotiques, Bactériologie

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   IRBA - Institut de Recherche Biomédicale des Armées · Brétigny sur Orge (France)  Gratifié.e au taux légal en vigueur

Mots-Clés

Intégratif Multi-omiques Génomique Transcriptomique Protéomique Assemblage Bactériologie Résistance Antibiotiques Bash R Python

Description

Analyses Multi-omiques de la Résistance aux Antibiotiques chez Burkholderia pseudomallei

Contexte

L’un des problèmes majeurs actuels de santé publique est la résistance aux antibiotiques. Au sein de l’IRBA (Institut de Recherche Biomédicale des Armées), l’équipe de bactériologie travaille sur la compréhension des mécanismes de résistance et le développement des contre-mesure médicales des agents de la menace bactériologique. Une des bactéries étudiées au sein du laboratoire est Burkholderia pseudomallei, responsable de la mélioïdose, maladie endémique dans la zone subéquatoriale. Il existe des cas d’importation de mélioïdose en France métropolitaine et des cas autochtones dans les DOM-TOM. Pour cette bactérie hautement pathogène, l'équipe bénéficie de laboratoires NSB3 et observe la réglementation M.O.T (pour détention et utilisation).

Objectifs

Ce stage de bio-informatique vise à rechercher et comprendre, par des analyses génomiques, transcriptomiques par RNAseq et protéomiques, les mécanismes impliqués dans la résistance aux antibiotiques chez Burkholderia pseudomallei. Pour ce faire l’IRBA dispose de deux séquenceurs : le NextSeq550 de Illumina, et le MinION de Oxford Nanopore, permettant d’accumuler des données multi-omiques.

Travail demandé

Le stagiaire devra utiliser les données de séquençage pour :

  • Assembler de novo des génomes bactériens en couplant les données de séquençages Illumina et MinION, tout en s’appuyant sur des génomes de références présents sur les bases de données publiques et les précédents assemblages de l'équipe. Par extension, améliorer les assemblages produits par l'équipe.
  • Etablir une étude en génomique comparative entre des souches présentant naturellement des niveaux de résistance différents,
  • Analyser les données de transcriptomiques (RNAseq) de plusieurs souches dans différentes conditions de cultures afin de mettre en lumière les gènes différentiellement exprimés et impliqués dans la résistance,
  • Mettre en perspective les résultats des points précédents avec une analyse intégrative des données génomiques, transcriptomiques, protéomiques et différentes métadonnées expérimentales,
  • Proposer un modèle expliquant la divergence des niveaux de résistance des différentes souches du laboratoire.

Compétences recherchées

  • Connaissances en programmation : bash, R, Python. D'autres langagues de programmation sont un plus.
  • Expérience souhaitée en bio-informatique, dans un laboratoire de bactériologie en particulier.
  • Expérience significative souhaitée dans l'analyse de données issues des technologies de séquençage (génomique comparative, assemblage de novo, …).
  • Notions de statistique pour les analyses RNAseq (Statistiques avec R, DESeq2, …)
  • Maitrise de l'anglais scientifique et technique
  • Savoir interagir avec des personnes ayant des horizons et intérêts divers (bactériologie, bio-informatique, informatique, statistiques…)
  • Etre autonome et assurer la veille technologique sur les domaines de sa compétence.

Autres informations

Ce sujet constitue un premier pas vers un travail de thèse.

Date de stage : entre janvier et août 2023

Durée du stage :  4 à 6 mois

Lieu de stage : IRBA - Institut de Recherche Biomédicale des Armées, 1 place du Général Valery André, 91220 Brétigny sur Orge.

Montant de la rémunération : taux légal en vigueur (environ 570 euros net/mois)

Date limite de candidature : 05/12/2022

Candidature

Procédure : Fournir un CV et une lettre de motivation à l'adresse mail : ombeline.lamer@def.gouv.fr . Après sélection, un entretien aura lieu entre le référent bio-informatique le porteur du projet scientifique et le chef d'équipe pour affiner le sujet de stage. Après engagement des deux parties, l'employeur fournira plusieurs documents à remplir au stagiaire. Retourner les pièces justificatives et les documents dans les plus brefs délais. Le dossier administratif sera ensuite visé par l'institut dans un délai pouvant s'étendre jusqu'à 3 mois. La convention de stage de l'établissement sera doublée par une convention propre à l'institut, les deux conventions suivront le même parcours et seront retournées au stagiaire pour signature par son établissement.

Date limite : 5 décembre 2022

Contacts

Ombeline LAMER, Ingénieure en Bio-informatique

 omNOSPAMbeline.lamer@def.gouv.fr

Offre publiée le 20 octobre 2022, affichage jusqu'au 5 décembre 2022