Mots-Clés

ARN seq genome

Description

Qui sommes-nous ?

Treefrog Therapeutics est une biotech innovante dont le but est de rendre les thérapies cellulaires accessibles à des millions de patients, grâce à la technologie C-Stem, qui a été développée pour cultiver et de différencier des cellules souches à grande échelle, une 1ère mondiale. Depuis sa création en 2018, Treefrog Therapeutics a levé plus de 74 M€ et connaît une forte accélération grâce à son équipe de plus de 100 collaborateurs.

Au sein des équipes de recherche scientifique de Treefrog, votre mission consiste à créer et rendre effective une plateforme d’analyses bioinformatiques. 

Activités principales

• Conduire pour les différents projets de recherche les analyses bioinformatiques et les contrôles qualité sur des données génomiques, en interpréter et présenter les résultats
• Produire des rapports de synthèse et les présenter oralement
• Concevoir et mettre en œuvre les solutions pour intégrer et exploiter les données de différents types d'analyses (séquences ARN, exomes, génomes entiers...)
• Concevoir de nouveaux outils bioinformatiques pour répondre aux besoins des équipes de  recherche
• Fournir des outils de visualisation pour aider à l'interprétation des données biologiques
• Prendre part au développement d'approches de type intelligence artificielle
• Apporter son soutien dans l'implémentation de plans d'analyse pour le traitement de données biologiques
• Mettre à disposition des équipes scientifiques son expertise et ses conseils méthodologiques
• Accompagner les équipes scientifiques dans l'utilisation des outils statistiques suivant leurs besoins
• Proposer des solutions innovantes aux équipes grâce à une veille technologique
• Assurer le stockage et le traitement de données à grande échelle, en lien avec l’équipe IT

Profil recherché

• Doctorat ou Master (biologie cellulaire, moléculaire ou génétique) et spécialisation en bioinformatique
• Expérience : minimum 5 années en analyse de données NGS (exomes et génomes entiers, oncopanels) et séquence ARN (unicellulaire, noyau unique) ; l'expérience de la conduite de projets en laboratoire pharmaceutique est un atout
• Excellente maîtrise du langage R, des langages et outils biostatistiques et informatiques : Linux/Unix, bash, Perl, Python, Java, gestion de versions (Git, Github/Gitlab), conteneurisation (Docker/Singularity)
• Maîtrise des workflows d'interprétation de données fastQ (QC, découpage des séquences, alignement avec le génome de référence, détection de SNP/CNV/indels, etc.), d'interprétation de séquences d'ARN unicellulaire, des outils de normalisation et de réduction des données, ainsi que des outils de visualisation (UMAP) et de regroupement (Harmony)
• Maîtrise de l'utilisation des infrastructures traditionnelles de HPC et de Cloud Computing
• La connaissance des techniques de machine learning est un grand atout
• Première expérience du management d'équipe appréciée
• Anglais courant (écrit et oral) requis

Vous êtes passionné(e) par la compréhension des mécanismes de la biologie cellulaire et leur interprétation à travers les données de séquençage. Autonome et orienté(e) résultats, vous comprenez et relevez les défis des projets. Vous êtes reconnu(e) pour votre esprit de synthèse, votre rigueur scientifique et votre sens de la satisfaction client.