Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Vigne Pacbio Hifi Variations Structurales Trio binning

Description

Contexte :
L’arrivée des séquenceurs procurant des séquences longues de hautes fidélités (Pacbio Hifi)
permettent d’obtenir facilement des génomes de hautes qualités.
Dans le cadre d’un doctorat, nous nous sommes intéressés au cépage Merlot et à ses parents : le
Cabernet franc et la Magdeleine Noire des Charentes. Ces trois cépages ont été séquencés en Pacbio
Hifi. En utilisant la technique de trio-binning, nous avons ainsi pu reconstituer le génome du Merlot
et séparer ses deux haplotypes parentaux. Pour les parents, nous avons obtenus deux haplotypes
pour chacun.
Le croisement ayant donné le Merlot a eu lieu il y a environ 250 ans. Depuis, le Merlot et ses
parents ont été propagés par bouturage. Avec ce stage, nous souhaitons vérifier si des variations
structurales ont eu lieu au sein du Merlot depuis le croisement.
Objectifs :
L’objectif du stage consiste, à partir des génomes du Merlot, du Cabernet franc et de la Magdeleine
Noire des Charentes, en :
1) Détecter toutes les variations structurales entre les deux haplotypes de Merlot
2) Déterminer chez les parents les séquences transmises au Merlot
3) Détecter des variations structurales entre les séquences transmises par les parents et l’haplotype
parental correspondant chez le Merlot
Encadrement :
Ce stage aura lieu dans l’équipe Diversité, Adaptation et Amélioration de la Vigne de l’UMR AGAP
Institut, à Montpellier sur le campus du CIRAD Lavalette.
Les encadrants seront Gautier SARAH, bioinformaticien, Roberto Bacilieri, chercheur vigne et
Victoria Sichel, doctorante
Possibilité de faire un stage bibliographique sur le sujet en amont.
Profil recherché :
Etudiant(e) en M2 d’un master avec une forte dominante en bioinformatique. Une bonne
connaissance de l’environnement linux, ainsi que des compétences en python sont fortement
recommandées. L’utilisation d’un cluster de calcul et d’un gestionnaire de workflow (Snakemake)
seront un plus, mais pourront être acquis lors du stage.
Période :
1er semestre 2023 (dates exactes à définir)
Contact :
gautier.sarah@inrae.fr