Mots-Clés

structure des protéines, programmation, amyloïd, régions répétées en tandem, intelligence artificielle, AlphaFold

Description

Stage M2 – 6 mois – Bio-informatique Structurale. Développement des outils informatiques pour annotation structurale et fonctionnelle des protéomes

Spécialisé en bio-informatique structurale, nous travaillons sur un certain nombre de problématiques liées (identification en séquence et en structure des régions répétées en tandem des protéines, études des régions amyloïdogéniques, prédiction de la 3D structure des protéines, ...). https://www.crbm.cnrs.fr/andrey-kajava/?lang=en,  http://bioinfo.montp.cnrs.fr/

Dans ce projet de stage, nous sommes particulièrement intéressés par l’étude des protéines contenant des séquences répétées qui sont présentes en grand nombre dans les génomes et souvent impliquées dans des processus biologiques importants. Certaines d’entre elles sont liées à des désordres neurodégénératifs ou à des pathologies spécifiquement humaines. Notre activité dans ce domaine s'inscrit dans le cadre des projets européens https://refract-rise.eu/ et https://www.cost.eu/actions/CA21160/.

Votre travail consistera à appliquer et améliorer les outils développés dans l'équipe (en java, python ou autre selon le projet et le profil du candidat). Dans ce projet, vous utiliserez également des outils de pointe, y compris le programme d'intelligence artificielle AlphaFold.

Nous attendons du stagiaire une certaine rigueur quant à l'architecture et à la documentation des outils développés. Outre ces compétences en développement une première expérience avec GNU/Linux et des connaissances en développement Web (PHP, JS, HTML/CSS) sont des plus.

Ce stage vous permettra de découvrir un environnement de recherche scientifique multidisciplinaire, de découvrir les métiers liés à la recherche et les poursuites d'études (doctorat) possibles dans ce domaine. Notre laboratoire est situé à Montpellier (une ville jeune et dynamique) au sein du campus du CNRS (jouxtant l'université), le laboratoire est accessible par le réseau de tramway.

Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer au format électronique à: Andrey Kajava (andrey.kajava@crbm.cnrs.fr)