Mots-Clés

systèmes d'information API web agriculture bio FAIR data

Description

CONTEXTE :

Le projet européen LIVESEEDING vise à améliorer l’offre de semences adaptées à l’Agriculture Biologique dans un contexte de demande croissante pour ce type de semence. Sélectionner des variétés adaptées à l’AB demande de faire évoluer les pratiques en termes de sélection, évaluation des variétés, ou encore de production des semences jusqu’à leur mise sur le marché.

INRAE prend une part importante dans ce projet et notamment grâce à l’implication des équipes Diversité, Evolution et Adaptation des Populations (DEAP) et l'Atelier de Bioinformatique et Informatique « Software » (ABISOFT) de l’UMR GQE-Le Moulon (Génétique Quantitative et Evolution, http://moulon.inra.fr/). Ces deux équipes collaborent depuis près de 10 ans sur le développement de la base de données SHiNeMaS (Seeds History Network and Management System). Cet outil permet la gestion d’informations de traçabilité des lots de semence (croisements, diffusion, mélanges, reproduction etc.) ainsi que leur évaluation au champ (phénotypage). SHiNeMaS est destiné à évoluer dans le cadre de LIVESEEDING notamment en améliorant l’interopérabilité de l’outil.

Le/La stagiaire sera accueilli au sein de l’IDEEV, un institut de recherche dans les domaines de l’écologie et de l’évolution constitué de 3 UMR dont GQE. Il/elle travaillera au sein de l'équipe ABISOFT, en collaboration avec l'équipe DEAP et en interaction avec les partenaires européens du projet LIVESEEDING. L'équipe ABISOFT compte 4 membres dont 2 permanents. Elle contribue aux programmes de recherches de GQE notamment par :

• Le développement et la maintenance de bases de données (Thaliadb, SHiNeMaS, DiverCILand ...).
• Le développement et la maintenance de logiciels d'analyse (BioMercator, Optimas).

TRAVAIL DE STAGE :

Le/La stagiaire aura pour mission de développer un service web (Python, Django, et Django REST Framework) afin de rendre SHiNeMaS interopérable avec les autres outils utilisés dans le projet LIVESEEDING. Le/La stagiaire pourra s’appuyer sur une API (Application Programming Interface) standard existante : Breeding API (www.brapi.org).

Il/Elle devra identifier les méthodes les plus pertinentes au regard du modèle relationnel existant et devra par la suite implémenter ces méthodes en utilisant les technologies en vigueur dans l’équipe.

PREREQUIS :

Le/la stagiaire devra maitriser le langage Python, avoir des connaissances sur le développement d’API et les web services.

Idéalement, le/la stagiaire devra avoir un goût prononcé pour l'agronomie et la biodiversité.