Analyse de la communication intercellulaire à partir de données scRNASeq
Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN) · Fontenay-aux-Roses (France) 1200
Date de prise de poste : 1 mars 2023
Mots-Clés
Machine Learning, Single cell RNAseq, communication intercellulaire
Description
Titre : Apprentissage machine pour l’analyse de la communication intercellulaire à partir de données transcriptomiques sur cellules uniques « Single Cell ».
Contexte
La radiobiologie est l'étude des effets biologiques des rayonnements sur le vivant. Une des missions de l’IRSN
est de développer des programmes de recherche afin de comprendre les effets biologiques des rayonnements
ionisants (RI) dans le cadre de leur utilisation dans le domaine médical et notamment la radiothérapie.
Dans le But de mieux comprendre et de modéliser la réponse moléculaire des cellules endothéliales (cellules
qui tapissent la surface des vaisseaux sanguins) à l'irradiation, le service de recherche en radiobiologie et en
médecine régénérative (SERAMED) de l’IRSN a récemment mis en place une technique de séquençage sur
cellule unique «single cell RNA seq ». L’intérêt fondamental de cette approche est de connaitre l'hétérogénéité
de la réponse cellulaire aux RI et d’identifier les signatures moléculaires des sous-populations cellulaires.
Le volume de données en présence est important nécessitant alors une forte réduction dimensionnelle pour
visualiser l’information biologique.
Missions
Le stage proposé vise à mobiliser un ensemble d’outils de réduction dimensionnelle et d’apprentissage adapté
à la très grande dimensionnalité des données en présence. Les différentes techniques d’analyses seront
conduites sur une base de données récemment acquise regroupant plusieurs conditions expérimentales.
L’étudiant(e) se familiarisera tout d’abord avec les techniques de normalisation et de réduction dimensionnelle
classiquement utilisées dans ce contexte : ACP, t-SNE et UMAP.
Ces premières analyses permettront de mettre en évidence les différents types cellulaires qui constituent le
tissu complexe et en étudier le profil transcriptomique après exposition aux radiations. Il s’agira par la suite
d’étudier la communication entre ces divers types de cellules et en comparer les différences selon certaines
conditions d’irradiations. Les résultats obtenus seront par la suite interprétés biologiquement à l’aide d’outils
bioinformatiques spécifiques.
Intérêt du stage
Ce stage permettra à l’étudiant d’acquérir de solides connaissances en statistique et en apprentissage machine
dans un contexte d’analyse de données à grande dimension (big data) à fort développement méthodologique
actuellement.
Candidature
Procédure : Contacter par mail Mohamed Amine Benadjaoud (mohamedamine.benadjaoud@irsn.fr) Joindre impérativement à votre candidature un CV, une lettre de motivation ainsi qu’un relevé de note de l’année précédente et éventuellement de l’année en cours.
Date limite : 15 décembre 2022
Contacts
Mohamed Amine Benadjaoud
moNOSPAMhamedamine.benadjaoud@irsn.fr
Offre publiée le 15 novembre 2022, affichage jusqu'au 15 décembre 2022