Mots-Clés

NGS, transcriptomique, génomique, métagénomique

Description

La société
ViroScan3D est une société de biotechnologie créée en 2012, localisée dans la banlieue lyonnaise et spécialisée dans le séquençage NGS. Notre mission est de réaliser des prestations de génomique clefs en main, depuis le traitement des échantillons jusqu’à l’analyse des données. Nos prestations incluent l’analyse de génomes, transcriptomes, épigénomes et métagénomes, à des fins d’identifications de biomarqueurs et agents infectieux.

Environnement de travail
La personne recruté(e) aura la responsabilité d’analyser des données génomiques. Elle travaillera sur un HPCC sous Linux et sera en étroite collaboration avec l’équipe de biologistes pour la mise en place des plans expérimentaux.

Mission
La principale mission du poste est de designer, mettre en place, maintenir et utiliser différents pipelines bio-informatiques (analyse de séquences) à thématique NGS répondant aux différents besoins de la société :

- analyse d’expression différentielle et d’enrichissement fonctionnel
- assemblage/reconstruction et annotation de génomes (viraux et bactériens)
- analyse des modifications génomiques : SNP, CNV, …
- métagénomique

Profil

Requis :
- Bac +5 (ou expérience équivalente) en Bio-informatique
- Expérience sur des données de séquençage de seconde et/ou troisième génération
- Maitriser au moins un langage de programmation de haut niveau
- Notions de base en statistiques
- Expérience de travail sous un environnement Linux
- Efficience dans la recherche bibliographique
- Connaissances de base de l’anglais scientifique

Optionnel :
- Expérience de travail sur un cluster de calcul
- Maitrise d’un outil de gestion de pipelines (Bpipe, Dagr, NextFlow, Snakemake, …) et de Docker
- Compétences d’administration systèmes et réseaux

Contrat
              - CDD d’un an avec possibilité de poursuite en CDI
              - Poste à pourvoir dès que possible
              - Salaire selon profil

Candidature
                Envoyer votre CV et lettre de motivation, par mail à Amine CHEBBI avec en objet "JI-BI-151122_Prenom_Nom" : amine.chebbi@viroscan3d.com