Mots-Clés

Nanopore sequencing, tumor profiling, DNA methylation

Description

Description de la structure d’accueil

L'Institut Curie est un acteur majeur dans la lutte contre le cancer aussi bien au niveau de la recherche que du soin. L'objectif de la recherche translationnelle au sein de l’institut est d'utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic et la thérapeutique des patients atteints de cancers dans le cadre du continuum entre recherche et innovation au service du patient.

Contexte

En oncologie, la capacité à distinguer les différentes entités tumorales est une préoccupation majeure pour le diagnostic des tumeurs. À titre d'exemple, la classification actuelle des tumeurs cérébrale dépend fortement des analyses moléculaires. Parmi les outils moléculaires disponibles, le méthylome a montré son indéniable intérêt dans la classification de ces tumeurs. Depuis 2017, il a été démontré que le séquençage par nanopores peut être utilisé pour explorer le méthylome des tumeurs cérébrales pour aider à leur classification. Outre l’intérêt du méthylome, des fusions impliquant des oncogènes ont été rapportées dans plusieurs types de tumeurs cérébrale et de sarcomes et leur mise en évidence peut avoir un intérêt majeur dans la classification de ces tumeurs. La stratégie d'enrichissement par séquençage adaptatif (adaptive sampling) a été décrit très récemment et est uniquement applicable au séquençage par nanopores. Cette technologie (déjà initié à l’institut Curie) pourrait permettre d’avoir des outils de caractérisation des tumeurs intégrés unique qui s'inscrivent pleinement dans la tendance actuelle d'amélioration de la biologie moléculaire applicable en oncologie.

Missions principales

Manipulation des données issus de séquenceur Nanopore

Amélioration du profilage de méthylation et de nombre de copie déjà analysé au sein de l’institut Curie

Comparaison des données de méthylation de Nanopore à celles de puce EPIC (Illumina)

Renforcer la mise en place (déjà initié) de l’adaptive sampling en particulier pour la recherche de variant structuraux

Missions secondaires éventuelles

Développer l’analyse du séquençage de l’ARN par Nanopore

Développer la mesure des télomères par Nanopore