Stage M2 - Intégration de données multi-omiques

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   LS2N · Nantes (France)

Mots-Clés

Microbiote Alzheimer Métagénomique

Description


OFFRE DE STAGE – 1er semestre 2023 (6 mois)


Laboratoire : LS2N UMR 6004 et IGF UMR 5203 - U1191

Equipes : Équipe COMBI et Équipe Marin 

Encadrants : Samuel Chaffron et Sylvie Claeysen

Titre du stage : Analyses multi-omiques d'échantillons murins post-transplantation de microbiotes issus de patients Alzheimer et sujets contrôles

Résumé du projet proposé :

Les micro-organismes (bactéries, virus, parasites et champignons) qui colonisent nos intestins sont des acteurs majeurs de la santé humaine qui influencent notamment le fonctionnement cérébral et la mémoire. Une dysbiose du microbiote intestinal est observée dans les modèles animaux de maladie d’Alzheimer et chez des patients Alzheimer versus des sujets contrôles. Nos données montrent que la transplantation de microbiote fécal (TMF) issu d'un modèle murin d'Alzheimer, à des souris saines, impacte les performances cognitives des animaux receveurs. Ce projet s'inscrit dans le contexte de l'étude clinique MICMALZ (NCT04841135) qui a pour objectif de valider sur une large cohorte de patients parfaitement caractérisés d’un point de vue clinique et de leurs biomarqueurs, une différence de signature microbienne entre les patients Alzheimer et les sujets contrôles. Nous avons ainsi réalisé des TMF de patients et contrôles à des souris, mesuré les performances cognitives des animaux receveurs, déterminé la composition du microbiote (séquençage du gène de ARNr 16S) et le profil métabolomique dans les fèces des animaux post transplantation.

Ce stage aura pour but d’analyser les microbiotes et leurs métabolites post-FMT de microbiote Alzheimer par des approches bioinformatiques à partir de données de métagénomique et de métabolomique déjà acquises (identification et annotations réalisées). Ce stage permettra également le développement d’outils informatiques d’analyses des microbiotes en lien avec la maladie d’Alzheimer. De ce fait, ce stage se déroulera en co-encadrement entre le groupe de Sylvie Claeysen à l'IGF de Montpellier pour mettre en relation les données de séquençage avec les données cliniques et biologiques, et le groupe de Samuel Chaffron au LS2N pour les analyses et le développement d’outils bioinformatiques dédiés. Le lieu de stage sera au LS2N.

Candidature

Procédure : Envoyer un mail à Samuel Chaffron Samuel.Chaffron@ls2n.fr

Date limite : None

Contacts

Samuel Chaffron

 SaNOSPAMmuel.Chaffron@ls2n.fr

Offre publiée le 18 novembre 2022, affichage jusqu'au 28 février 2023