Stage en génomique et métagénomique bactérienne

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   IRCAN - Service Bioinformatique · Nice (France)

 Date de prise de poste : 1 février 2023

Mots-Clés

génomique, métagénomique, microbiologie

Description

Intitulé : Identification et étude de l’expression des facteurs de virulence des bactéries pathogènes pour l’homme en milieu marin

Contexte de travail :

L'IRCAN est un institut public de recherche scientifique, situé à Nice, au campus Pasteur.

Les sujets qui y sont développés concernent la compréhension des mécanismes biologiques unissant le vieillissement et les cancers.

Le stagiaire intégrera le service "Informatique & Bioinformatique" de l'IRCAN dont le rôle est d’apporter un soutient bioinformatique et informatique aux équipes de recherche de l’institut, en parallèle au développement de ses thématiques propres.

Le projet de stage se réalisera également en partenariat avec l’équipe du Pr. Ruimy, chef de service du laboratoire de bactériologie du CHU de Nice et chercheur rattaché à l’institut C3M, ainsi qu’avec Dorota Czerucka chercheuse au Centre Scientifique de Monaco

Le stage sera d’une durée de 6 mois et pourra débuter entre janvier et mars 2022

 

Sujet :

La température joue un rôle important chez les bactéries pathogènes pour l’homme telles que les Shigelles, les Salmonelles ou les Listeria. En effet, on sait qu’à la température du corps humain l’expression est plus forte pour les facteurs de virulence impliqués dans l’adhésion, la prolifération et la survie. Cependant il existe peu de données sur l’effet de l’augmentation de la température de l’eau de mer sur l’expression des facteurs de virulence des bactéries pathogènes pour l’homme. Dans le cas des Vibrio parahaemolyticus nous avons par exemple démontré que l’expression des facteurs, impliqués dans l’adhésion et la formation des biofilms, s’accroît avec la hausse des températures de l’eau de mer (Billaud M et al. Frontier Microbiology 2022).

Ce projet a comme objectif d’identifier des bactéries environnementales à partir d’échantillons prélevés en Méditerranée et connues pour être des pathogènes pour l’homme. Nous souhaitons également étudier l’impact de la hausse de température de l’eau de mer sur l’expression des facteurs de virulence.

Pour effectuer ce travail la première étape consiste à utiliser des techniques classiques de microbiologie telles que des étalements sur boite agar et des isolements des clones identification par Maldi-Tof. A partir des clones d’intérêts, l’ADN isolé est séquencé pour pouvoir réaliser des analyses génomiques. De même, l’ARN extrait est séquencé puis analysé par des approches de métatranscriptomique.

Le stage consistera à réaliser les analyses bioinformatique à partir de ces données de séquençages haut-débit. Il aura en particulier 2 objectifs :

  1. Identifier les taxa bactériens présents dans les prélèvements via des approches de métagénomique

  2. Évaluer l’expression (ARNm) des facteurs de virulence en fonction de différentes températures de l’eau

Candidature

Procédure : Les candidatures comprenant CV détaillé, lettre de motivation et références (avec emails des personnes à contacter) seront adressées à croce@unice.fr et ruimy.r@chu-nice.fr

Date limite : 1 mars 2023

Contacts

Olivier Croce

 crNOSPAMoce@unice.fr

Offre publiée le 21 novembre 2022, affichage jusqu'au 1 mars 2023