Mots-Clés

NGS, biologie moleculaire, epitranscriptomique, python, nextflow, R, IA

Description

Description du poste : Ingénieur en Bioinformatique

Afin de renforcer ses capacités en bioinformatique, le laboratoire ALCEDIAG (filiale du groupe ALCEN), recrute des aujourd’hui un ingénieur en bioinformatique. Le candidat travaillera au sein de la plateforme bioinformatique du laboratoire et dans un environnement multi-disciplinaire en étroite collaboration avec des biologistes, des informaticiens et des cliniciens. Les activités seront principalement focalisées sur le traitement de données des séquençages à haut débit (NGS), et sur le developpent d’outils pour l’analyse de ces données.

Contexte : 

ALCEDIAG développe des solutions innovantes pour le diagnostic médical. Les premiers tests développés permettent de diagnostiquer des maladies psychiatriques à l’aide de panel de biomarqueurs moléculaires brevetés.

Sys2Diag est un laboratoire né en 2015 de l'alliance de deux partenaires aux ambitions complémentaires: le CNRS et le groupe français ALCEN.

Sys2Diag est un laboratoire interdisciplinaire (composée de biologistes, de mathématiciens et d'informaticiens) qui s'appuie sur une longue expérience dans le développement d’innovations de rupture pour le diagnostic médical, sur une recherche fondamentale en biologie synthétique et systémique, et sur des plateformes technologiques de pointe (Next Generation Sequencing, protéomique clinique, biosenseurs chimiques, microfluidique, bioinformatique / biostatistiques).

Profil recherché :

De formation supérieure minimum Bac + 5 de type ingénieur ou Master ou doctorat en bioinformatique avec au moins 3 à 5 ans d’expérience en génomique associé au développement d’outils bio-informatiques.

Activités principales :

• Analyser et formaliser les besoins des biologistes du laboratoire.
• Réaliser l’analyse bioinformatique et biostatistique des données du laboratoire.
• Participer à la conception, la mise en place, l’encapsulation, le test et l’optimisation des chaînes de traitement de données issues du laboratoire.
• Développer de nouveaux outils bio-informatiques pour répondre aux besoins des nouveaux projets émergents du laboratoire.
• Rédiger des rapports d’analyse et des procédures de contrôle qualité (SOP).
• Participer à la veille technologique et scientifique de la plateforme.

Compétences souhaitées :

• Connaissances approfondies des méthodes de traitement de données biologiques issues de technologies à haut débit, en particulier NGS (RNAseq, épigénomique, …)
• Maîtrise approfondies d'un ou plusieurs langages de programmation parmi les suivants : Python, perl, C, bash.
• Bonnes notions de statistiques appliquées à la biologie.
• Bonne connaissance de programmation en R.
• Maîtrise de l’environnement Unix/Linux.
• Connaissance d’un gestionnaire de workflow (Nextflow) et de docker.
• Des connaissances en intelligence artificielle serait un plus.
• La connaissance des dernières technologies Web : REST-API serait un plus.
• La connaissance de la règlementation pour le développement de dispositif médicaux serait un plus (IEC62304, IVDR 2017/746, …).
• Anglais fluent.

Qualités requises :

• Réactivité, dynamisme, autonomie, capacité d’organisation et d’initiative.
• Capacité à travailler en équipe et, plus particulièrement dans un milieu interdisciplinaire.
• Rigueur, bon esprit d’analyse et de synthèse.
• Une expérience industrielle est un plus.