Enrichissement des données métagénomiques

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Biofortis · Saint-Herblain (France)  Gratification mensuelle standard en vigueur en France

 Date de prise de poste : 1 janvier 2023

Mots-Clés

metagenomics microbiome shotgun functional

Description

Offre de stage (référence ST2023_metagenomics)

Activité de l'entreprise : Biofortis, CRO nantaise spécialiste des essais cliniques et bioanalyses, accompagne depuis 20 ans l’innovation pour ses clients en nutrition, agroalimentaire, biotech, pharma, académique, cosmétique. Forte de ses 90 collaborateurs, supportée par l'Institut Mérieux, notre entreprise présente à son actif plus de 500 projets, 250 essais cliniques gérés full-service en France, en Europe et à l'international.
 

Sujet : Enrichissement des données métagénomiques
 

Contexte

Dans le cadre de ses activités d’analyses de données métagénomiques, Biofortis souhaite améliorer de manière continue ses pipelines pour valoriser au mieux les données générées et proposer des analyses couvrant tout le spectre des possibilités offertes par la métagénomique (taxonomie, fonctions, voies métaboliques, etc.). L’utilisation de méthodologies récentes et de nouvelles bases de données seront des leviers pour répondre à cet objectif. Le stagiaire sera intégré et accompagné par une équipe de 6 bioinformaticiens et data scientists et bénéficiera du support de biologistes.
 

Missions

  • Appréhender les approches de metabarcoding et de métagénomique
  • Comprendre les analyses et pipelines bioinformatiques métagénomiques utilisés à Biofortis
  • État de l’art des méthodes / outils / bases de données permettant d’enrichir les analyses métagénomiques
  • Développement et implémentation de nouvelles analyses, par exemple :
    • Lier les informations taxonomiques et fonctionnelles [1] [2]
    • Enrichir de manière automatisée les sorties avec des informations issues d'autres bases de données et/ou de la littérature (lien avec maladie, phénotype, état de dysbiose, etc.) [3] [4]
    • Recentrer les outputs en fonction de thématiques d'intérêt (inflammation, lipides, etc.)
    • Pouvoir adapter si nécessaire les outils et bases de données à la matrice biologique étudiée (flore intestinale, nasale, buccale, etc.) [5]
    • Exploiter de manière plus approfondie les informations portées par les règnes non-bactériens (virus, archées, eucaryotes, etc.) [6]
    • Identifier des éléments biologiques spécifiques au sein des données métagénomiques (plasmides, bactériophages, etc.) [7]
  • Développement des représentations graphiques aidant à l’interprétation

 

Formation : Niveau Master II ou équivalent en bioinformatique / biostats / statistiques.

Compétences : Programmation R / Python, expérience en bioinformatique / métagénomique, anglais scientifique, esprit d’équipe et travail dans un environnement pluridisciplinaire

Période et durée : À partir de janvier 2022 (à convenir) pour une durée de 6 mois.

Localisation : Saint-Herblain, périphérie nord-ouest de Nantes (accès direct tramway, parking)

Indemnités de stage : Rémunération convention de stage, participation titres restaurant et frais de transports en commun.


Adresser CV et lettre de motivation à :
Erwann Scaon, programmeur statistique
erwann.scaon@biofortis.fr

Candidature

Procédure : Envoyer un mail à l'adresse de contact indiquée dans l'offre

Date limite : 1 janvier 2023

Contacts

Erwann SCAON

 erNOSPAMwann.scaon@biofortis.fr

Offre publiée le 24 novembre 2022, affichage jusqu'au 1 février 2023