Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

données transcriptomiques design de pipelines PGD LINUX

Description

Dans le cadre du développement de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l’IFV pôle Alsace-Grand Est recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) sur Colmar dans les locaux de l’INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d’analyser des données de transcriptomiques, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l’équipe de virologie et de génomique de la vigne de l’IFV/INRAE.

Missions :

• Design, développement et maintenance (versioning) de méthodes d’analyse et pipelines bio-informatiques dans un environnement Linux
• Comparaison des outils open-source (ligne de commande) vs un logiciel payant sous forme d’interface graphique, actuellement utilisé en routine
• Mise en place et application d’un plan de gestion de données
• Validation de la qualité des données et de l’intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers.

Profil recherché :

• Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio-informatique
• Expérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit
• Bonne connaissance de l’environnement LINUX
• Maitrise d’au moins un langage de programmation de haut niveau (bash, R, Python …)
• Connaissances de base de l’anglais scientifique pour une recherche bibliographique efficiente

Contrat

• CDD d’1 an sur projet PNDV avec possibilité de poursuite
• Poste à pourvoir début d’année 2023
• Salaire d’ingénieur selon l’expérience