Mots-Clés

Federated learning Dashboard interactif résistance bactérienne

Description

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 55 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.
Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.
Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d’un suivi et d’une évaluation l’aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Quelle est votre mission chez bioMérieux?

En permettant de mutualiser des jeux de données tout en respectant les contraintes de confidentialité liées aux données patient, les techniques d'apprentissage fédéré offrent de nouvelles perspectives pour la construction de modèles de prédiction dans le domaine de la santé.

L'objectif de ce stage est d'évaluer l'intérêt de ces approches dans le domaine de la microbiologie clinique, pour l'analyse de la résistance aux antibiotiques.

Après un état de l'art des différentes méthodes existantes et des différents outils disponibles, deux axes seront étudiés :

• un axe descriptif visant à mettre en place un prototype de suivi spatial des niveaux de résistance aux antibiotiques.
• un axe prédictif ayant pour objectif de construire des modèles de prédiction de la résistance aux antibiotiques sur la base de génomes complets.

Pour la mise en place de ce type d’approches, vous pourrez notamment vous appuyer sur les librairies (Scikit-learn, TensorFlow, Keras, …) et aurez accès à la grille de calcul de bioMérieux.

Mots-clés

Federated learning  ; Dashboard interactif ; résistance bactérienne.

Qui êtes-vous?

• Vous préparez un Master 2 ou vous êtes en dernière année d’école d’ingénieur, avec une spécialisation en Data science ou en mathématiques appliquées.
• Vous avez un bagage théorique dans le domaine de l’apprentissage statistique et expérience dans sa mise en œuvre (en Python).
• Vous avez une première expérience avec les outils de visualisation interactive des données (dash, plotly) serait fortement appréciée.
• Vous faites preuve d'agilité dans un environnement Linux et vous avez des familiarités avec les langages de scripts (e.g., shell, Python).
• Vous faites preuve d'autonomie, de rigueur et de curiosité scientifique.
• Vous avez un sens de la communication écrite et orale.
• Vous avez la capacité de lire des publications scientifiques écrites en anglais.
• Des connaissances en biologie seraient appréciées mais ne sont pas requises.

Ce stage peut être basé à Marcy L'Etoile (69280) ou à Grenoble (38000)

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

 Les + :
• Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.
• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.