Société Française de Bioinformatique

Identification du poste

Poste de travail : Ingénieur(e) bio-informaticien(ne)

Emploi type / grade : Ingénieur hospitalier ou de recherche

Statut : Contractuel (CDD 1 an renouvelable)

Pôle d’activité : Pôle Biologie Anatomie Pathologique (BAP)

Unité fonctionnelle : UF7790 Bioinformatique

Responsable hiérarchique : Cadre Supérieur de Pôle

Responsable fonctionnel : Biologiste responsable de l’UF7790

Mission

La mission principale est de maintenir et de développer des outils d'analyse bio-informatique et des bases de données nécessaires aux activités diagnostiques et d’analyses de données (génétique, microbiologie, cancérologie, métabolomique) obtenues par NGS ou spectromètre de masse haute résolution.

Contributions attendues

• Concevoir, mettre en place et gérer les outils informatiques/statistiques nécessaires au traitement et à la gestion des données générées par la technologie de NGS en génétique, cancérologie, métabolomique et en microbiologie, ainsi que la fusion des données NGS/Métabolomiques (Approche multi-OMICS).

• Développer ces outils dans le respect des référentiels d’assurance qualité, notamment pour répondre aux exigences d’une accréditation par le COFRAC

• Veiller au stockage et à la sécurisation des données des patients

• Présenter ses résultats et rédiger des rapports

• Former les utilisateurs de la plateforme NGS (biologistes et ingénieurs) à l’utilisation des logiciels permettant de mieux comprendre et interpréter les résultats.

• Mise en œuvre des mesures liées au système de management qualité et à la prévention des risques

• Participation aux réunions de service

Communication / relations

- Travail en relation avec les biologistes, les microbiologistes du CNR de la résistance aux antibiotiques, du CNR Papillomavirus, et d’hygiène hospitalière et les ingénieurs de la plateforme de génétique moléculaire des cancers, du plateau de biologie moléculaire, du PACE et avec les informaticiens du CHU.

Valoriser les outils développés sous forme de présentations orales auprès des groupes de travail NGS (au sein de l’Institut National du Cancers, du gQuBE, des sociétés savantes…)

Profil requis

Qualification

• Diplôme : M2 en bio-informatique ou diplôme en informatique avec des connaissances en biologie, chimiométrie et métabolomiques

• Expérience : Une expérience en développement et validation de logiciels bio-informatiques est souhaitée.

Savoirs

• Savoirs théoriques :

- Programmation R (statistiques), Python, shell, JAVA indispensable

- Connaissance du système Linux

- Programmation VBA est un plus

- Bases de données SQL

- Installation et utilisation des outils bioinformatiques sous Linux

- Aisance avec des moteurs de pipelines du type Snakemake ou NextFlow

- Connaissance de GitHub

- Connaissance des algorithmes de Machine Learning

- Bonne compréhension de la biologie moléculaire clinique et microbiologique

- Connaissance des bases de données génomiques de génétique, de cancérologie, de métabolomique et de microbiologie

- Connaissance des différentes technologies de séquençage (séquençage Illumina/Oxford Nanopore) et des différents types de fichiers générés

- Connaissance des outils de traitement bioinformatique pour l’alignement des génomes bactériens, l'annotation des génomes bactériens, l'identification de single nucleotide polymorphism (SNP), le variant calling, l’annotation des variants, la recherche de fusion de gènes.

- Fusion des données NGS/Métabolomique (approche multi-OMICS)

- Connaissance ISO 9001

- Savoir présenter de façon synthétique et didactique ses résultats

- Rédaction de documents scientifiques/techniques

- Maitriser l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit

• Savoirs d’environnement :

Connaissances générales du Laboratoire de Biologie Médicale du CHU de Besançon

Connaissance des partenaires impliqués dans les activités de NGS (Plateforme de génétique moléculaire des cancers, génétique biologique…)

• Savoirs procéduraux :

Respecter les règles de confidentialité

Connaissance de la démarche qualité du Laboratoire (norme ISO 15189)

Savoirs faire

• Savoirs faire opérationnels :

Être capable de s’adapter aux changements, à l’innovation

• Savoirs faire relationnels :

Savoir communiquer, travailler en équipe / en réseau, transférer un savoir-faire

Aptitudes

Motivation, dynamisme, disponibilité

Rigueur, discrétion, respect du secret professionnel

Autonomie, esprit d’initiative et de synthèse

Autres exigences du poste

Temps de travail : Temps plein

Horaires de travail : À répartir sur la semaine et sur l’amplitude horaire 8H30-17H30

Exigences physiques : Aucune

Environnement : Aucune

Moyens mis à disposition

Bureau, ordinateur, serveurs informatiques

Procédure d’intégration

Intégration et habilitation selon norme ISO 15189