Mots-Clés

NGS BDD Microbiologie genomique

Description

CONTEXTE

Depuis le début de la pandémie de Covid-19, le Centre National de Référence des Virus Respiratoires produit des données de séquençage haut débit (NGS) à grande échelle pour répondre aux besoins de la surveillance du SARS-CoV-2. Ce type d’analyse est devenu primordial dans le suivi de l’évolution des pathogènes, et conditionne de plus en plus les décisions de santé publique et de prise en charge clinique. Le volume de données de séquençage générées nécessite la mise en place d’une base de données interne permettant une meilleure exploitation des données de séquence. D’autre part, les pipelines informatiques déjà en place pour l’analyse des données sont maintenues et améliorés en fonction des avancées technologiques et des développements expérimentaux réalisés sur la plateforme.

Notre plateforme étant au sein des services de biologie médicale du CHU de la Croix-Rousse, le candidat collaborera avec l’équipe en charge du développement des différents axes d’utilisation du NGS en infectiologie (métagénomique, amplicon-sequencing, whole-genome sequencing), ainsi que les biologistes utilisant ces données en pratique clinique ou en recherche. Le candidat aura une place centrale dans le développement de cette infrastructure en participant à la conception d’une base de données, à la migration des données déjà générées et à son implémentation dans la chaîne d’analyse déjà mise en place. Le candidat participera ainsi à l’essor de la plateforme et l’exploitation de ces données dans les projets de recherche.

MISSIONS

Le candidat aura en charge la structuration de nos données et participera à l’encadrement des développements en cours pour permettre l’intégration à la base de données dont il reprendra le développement. Il travaillera plus particulièrement en étroite collaboration avec les deux bio-informaticiens de l’équipe.

Il sera attendu de la part du candidat de s’insérer dans le fonctionnement de l’équipe actuelle et :

• D’être référent de l’équipe sur les SGBD (Systèmes de Gestions de Bases de Données), ainsi que dans les langages/outils associés (MySQL, phpMyAdmin).
• Collecter/centraliser les données venant des différents systèmes d’informations du laboratoire.
• De manière autonome, évaluer, choisir, adapter et implémenter les méthodes de gestion de la base de données.
• Développer une application web dynamique pour permettre un accès simplifié aux données dans le cadre d’une utilisation transversale par les biologistes et techniciens de la plateforme.
• Permettre et participer aux analyses statistiques à partir de la base de données.
• Communiquer avec la Cellule Bio-informatique des HCL et la Direction des systèmes d’information pour assurer l’harmonisation des pratiques et la gestion du parc de serveurs de calculs.
• Assurer le flux des données sur la plateforme, du séquençage au stockage durable.
• Pouvoir participer à la gestion des pipelines d’analyse sous une forme souple, facilement maintenable et produisant des résultats reproductibles (Nextflow, Singularity).
• Adapter/modifier les pipelines développés en interne en fonction des nouveaux besoins.
• Promouvoir l'innovation et les bonnes pratiques, identifier et accompagner les possibilités de valorisation scientifique des contributions au sein de ces projets.
• Suivre l'évolution technologique dans le domaine (veille scientifique).
• Contribuer aux réflexions scientifiques, rédiger les rapports ou réaliser des présentations dans le cadre des projets de recherche en participation des réunions transversales de la plateforme.

PROFIL RECHERCHÉ

Diplômes requis

Titulaire d’un diplôme d’ingénieur avec 2 ans d’expérience ou titulaire d’une thèse en bio-informatique.

Expériences similaires

• Expérience de gestion ou de développement de bases de données scientifiques
• Expérience d’analyse des données de NGS. Avec une préférence pour une expérience dans le cadre de l’infectiologie.
• Expérience de réponse aux besoins des non-initiés à la bio-informatique.
• Expérience de travail dans un laboratoire de biologie moléculaire au sens large.

Compétences et aptitudes

• Compétences dans les SGBD (Systèmes de Gestions de Bases de Données), ainsi que dans les langages/outils associés (MySQL, phpMyAdmin) en gestion de base de données (MySQL, phpMyAdmin).
• Compétences en développement web (HTML/CSS/PHP/JS).
• Connaissances théoriques et pratiques des outils de biologie moléculaire.
• Connaissances des bases d'Unix et des langages de programmation utilisées couramment en biologie (R, Python).
• Compétences en infectiologie appréciées.
• Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
• Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe
• Bonne maîtrise de l’anglais scientifique et technique.
• Aptitudes à la rédaction de méthodes et d’articles scientifiques (français et anglais).

CONDITIONS DE TRAVAIL – EVOLUTION DU POSTE

• Poste à temps plein.
• Evolution selon la grille hospitalière d’ingénieur d’études, échelon initial selon l’expérience.
• 28 CA/an + 15 RTT/an.
• Horaires adaptés à l’organisation du travail.
• Possibilité de jours de télétravail.