Mots-Clés

immunologie RNA-seq transcriptome anti-CD45RC

Description

Titre du stage : Etude de l’impact de l’utilisation de l’anticorps anti-CD45RC sur le transcriptome de cellules humaines et de rat

Résumé du stage :

Un des objectifs majeurs en transplantation et dans le traitement des maladies auto-immunes est le développement de nouvelles immunothérapies non toxiques et plus spécifiques. Notre équipe a montré qu’un traitement avec un anticorps anti-CD45RC permet de prévenir le rejet de greffe et la maladie du greffon contre l’hôte (GVHD) dans des modèles de souris et rats. Dans un modèle de rats AIRE déficients atteints du syndrome APECED, l’utilisation de l'anticorps anti-CD45RC a été efficace à la fois pour la prévention et le traitement des manifestations auto-immunes et a inhibé le développement des auto-anticorps. L’ensemble de nos résultats suggère un rôle potentiel de l’utilisation de cet anticorps dans le traitement des maladies auto-immunes et en transplantation chez l’Homme. L’objectif suivant de ce projet est de comprendre quel est l’impact de ce traitement anti-CD45RC sur le transcriptome et le répertoire TCR des cellules humaines et de rat.

Au cours de ce stage nous proposons à l’étudiant(e) d’analyser des données de single cell RNA-seq (transcriptome et protéome avec anticorps de CITE-seq) issues de cellules humaines (stimulées ou non) en présence de l’anticorps anti-CD45RC et de les comparer avec des cellules qui n’ont pas été au contact de cet anticorps.

En parallèle de cette première analyse, nous proposons également une analyse du répertoire TCR des lymphocytes T récolté à partir de la rate après traitement in vivo avec l’anticorps anti-CD45RC dans le modèle APECED.

Ce sujet de stage s’inscrit dans la continuité des projets de notre équipe. Les principales publications sur l’utilisation de l’anticorps anti-CD45RC sont listés ci-dessous.

• Transient antibody targeting of CD45RC induces transplant tolerance and potent antigen-specific regulatory T cells, Picarda et al, 2017, JCI Insights.
• Transient antibody targeting of CD45RC inhibits the development of graft-versus-host disease, Boucault et al, 2020, Blood Advances.
• Anti-CD45RC antibody immunotherapy prevents and treats experimental autoimmune polyendocrinopathycandidiasis–ectodermal dystrophy syndrome, Besnard et al, 2022, Journal of Clinical Investigation.

Profil recherché : Etudiant(e) motivé(e) pour rejoindre une équipe dynamique, ayant les compétences bio-informatiques nécessaires pour réaliser ces analyses. Ce stage sera également encadré par une post-doctorante ayant déjà réalisé ce type d’analyse.

Contact : carole.guillonneau@univ-nantes.fr et celine.serazin@univ-nantes.fr