Mots-Clés
OGM
protéines toxiques
text-mining
recherche bibliographique
in vitro testing strategy
Description
Vos missions
Vous interviendrez, en collaboration avec un autre partenaire, dans le cadre d’un projet européen financé par l’autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Vos travaux porteront sur la constitution d’une base de données recensant les tests in vitro pour évaluer la toxicité des (nouvelles) protéines. En lien avec le chef de projet, vous serez encadré(e) par une personne avec un niveau doctorat. Vous définirez ensemble votre périmètre d’action dans les tâches identifiées ci-dessous.
Votre équipe
Le laboratoire de Fougères regroupe 65 agents répartis en 4 unités. Il exerce son activité dans les domaines de la sécurité alimentaire, de la médecine vétérinaire et de l’hygiène des aliments. La mission du laboratoire est de contribuer à une meilleure connaissance des bénéfices et des risques associés à l'utilisation des médicaments vétérinaires et des désinfectants par la filière agro-alimentaire. Il analyse également l’effet des antimicrobiens (antibiotiques et biocides) sur l’antibiorésistance et caractérise les dangers toxicologiques associés aux contaminants.
Au sein de ce laboratoire, l’Unité Toxicologie des contaminants est chargée de contribuer à l’évaluation des risques en apportant son expertise dans le domaine de la toxicologie des contaminants. Les activités de recherche s’organisent autour de 2 grands axes :
1) l’évaluation du danger, en particulier génotoxique, de contaminants ou de substances émergentes ainsi que de leurs mélanges, à l’aide de tests in vitro sur cultures cellulaires et in vivo sur rongeurs. En parallèle, les mécanismes d’action impliqués dans la toxicité des composés sont explorés grâce à des approches « omiques » (transcriptomique, protéomique et métabolomique) et des approches d’imagerie cellulaire multiparamétriques.
2) Le développement de nouveaux outils afin d’améliorer la prédictivité des tests utilisés en toxicologie. Ces nouveaux systèmes, cellulaires (nouvelles lignées, co-cultures) ou technologiques, visent à disposer de tests plus adaptés à l’évaluation du danger
Récemment, une nouvelle orientation a été prise visant au développement d’approches originales de Data Science et plus précisément de simulations in silico pour supporter et orienter ces 2 axes de recherches.
Vous rejoindrez une équipe de 9 d’agents (4 personnes en technique et 5 scientifiques), dont la taille varie en fonction des recrutements de CDD sur des projets de recherches ainsi que des apprentis et des étudiants (thèse, master, bac +3).
Votre quotidien
Construire une base de données :
- Déterminer des mots clés pertinents pour la recherche bibliographique
- Effectuer une recherche bibliographique la plus exhaustive possible
- Sélectionner des articles en fonction de leur qualité en concertation avec le responsable scientifique
- Compiler les résultats de la recherche dans une base de données
- Extraire les éléments clés des publications
- Participer au développement des approches de text-mining en cours de mise en place au sein de l’unité
Valorisation :
- A partir des éléments extraits de la bibliographie, identifier une stratégie de criblage pour l’évaluation de protéines toxiques.
- Préparer les documents pour la présentation des résultats obtenus lors de réunions
- Participer aux réunions sur le projet (en anglais) ou au sein du laboratoire
- Participer à la rédaction des rapports nécessaires au projet
- Participer à la rédaction d’une ou des publications
Votre profil
Niveau Bac+5 (Bac +3 minimum)
- Un bon niveau en anglais scientifique est indispensable
- Des connaissances en toxicologie cellulaire
- Formation initiale en biologie
- Formation et/ou expérience en bioinformatique (Python, text-mining…)
- Compétences :
- Maîtrise des outils et langages informatiques spécialisés (EndNote, Python, …)
- Rigueur
- Dynamisme
- Aptitude organisationnelle
- Qualité d’écoute et de communication
- Gout pour le travail en équipe
- Capacité à être autonome
otre quotidien
Construire une base de données :
- Déterminer des mots clés pertinents pour la recherche bibliographique
- Effectuer une recherche bibliographique la plus exhaustive possible
- Sélectionner des articles en fonction de leur qualité en concertation avec le responsable scientifique
- Compiler les résultats de la recherche dans une base de données
- Extraire les éléments clés des publications
- Participer au développement des approches de text-mining en cours de mise en place au sein de l’unité
Valorisation :
- A partir des éléments extraits de la bibliographie, identifier une stratégie de criblage pour l’évaluation de protéines toxiques.
- Préparer les documents pour la présentation des résultats obtenus lors de réunions
- Participer aux réunions sur le projet (en anglais) ou au sein du laboratoire
- Participer à la rédaction des rapports nécessaires au projet
- Participer à la rédaction d’une ou des publications
Votre profil
Niveau Bac+5 (Bac +3 minimum)
- Un bon niveau en anglais scientifique est indispensable
- Des connaissances en toxicologie cellulaire
- Formation initiale en biologie
- Formation et/ou expérience en bioinformatique (Python, text-mining…)
- Compétences :
- Maîtrise des outils et langages informatiques spécialisés (EndNote, Python, …)
- Rigueur
- Dynamisme
- Aptitude organisationnelle
- Qualité d’écoute et de communication
- Gout pour le travail en équipe
- Capacité à être autonome