Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Stochastic modeling bioimaging inverse problem Bayesian filtering deep-learning-based inference Tissue Morphogenesis intracellular trafficking multiscale modeling actomyosin contractility

Description

Bonjour à tous,

[The illustrated abstract in English can be found at the link here]

Nous sommes à la recherche d'un.e étudiant.e pour une thèse en mathématiques appliquées à l'étude des processus moléculaires en milieux physiologiques. La thèse sera financée par le programme interdisciplinaire du Centre Turing des Systèmes Vivants et co-encadrée par Philippe Roudot à l'Institut de Mathématiques de Marseille et Thomas Lecuit à l'Institut de Biologie du Développement.

Le sujet est centré sur l’estimation des paramètres qui décrivent la dynamique des échanges à la membrane cellulaire à travers de nouvelles approches combinant filtrage Bayésien et apprentissage profond. A cause de la complexité des images de microscopie acquises dans les milieux représentatifs des tissus, cette mesure n’est aujourd’hui possible qu’en cellules cultivées sur des surfaces dures et planes. Ces limitations impactent fortement notre compréhension de processus fondamentaux, allant de l’entrée d’un virus dans la cellule à l’orchestration du développement des organes. Une description détaillée des défis numériques liés au mouvement et à la qualité des signaux est disponible ci-joint. Ces travaux utiliseront l’embryon de la mouche comme modèle tissulaire et seront généralisables à d’autres processus moléculaires et environnements physiologiques. Pour plus d’information :

• Abstract illustré (en anglais) : https://amubox.univ-amu.fr/s/bTsfnp8WNjTBFNi
• Description complète du sujet : https://centuri-livingsystems.org/phd2023-17/  

La candidature doit se faire en anglais et la date limite est fixée au 16 Février au lien ci-dessous. Les candidat.e.s sont aussi encouragé.e.s à me contacter directement pour de plus amples informations.

• Procédure de candidature :  https://centuri-livingsystems.org/recruitment/

Bien cordialement,

Philippe Roudot