Société Française de Bioinformatique

Structure d’accueil :

Etablissement privé d’intérêt collectif, l'Institut Claudius Regaud (ICR) est le Centre de Lutte Contre le Cancer (CLCC) de Midi-Pyrénées. Il fait partie du groupe UNICANCER, qui réunit les 18 CLCC français et leur fédération qui consacrent entièrement leur activité à la cancérologie. Le soin, la recherche et l'enseignement en cancérologie sont les missions majeures de l'ICR, qui regroupe un effectif de 1150 personnes dont 120 médecins et chercheurs. L’ICR est certifié depuis 2017 sans recommandation ni réserve par la Haute Autorité de Santé dans le cadre de la procédure d’évaluation V2014. L’ICR est certifié depuis 2020 par l'OECI. En 2014 l’ICR a intégré l’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse — Oncopole (IUCT-O), avec des services du CHU de Toulouse (www.iuct-oncopole.fr).

Mission :

La cellule de bio-informatique a pour objectif de proposer une expertise et des outils afin d'accompagner les équipes médicales principalement dans le diagnostic des patients (ISO 15189) et dans leurs projets de recherche.

L'équipe travaille sur le traitement, l'analyse, la visualisation, la contextualisation et l'aide à l'interprétation des données issues de séquençage haut débit (NGS) dédiées aux nouvelles stratégies de diagnostic, notamment par analyse ciblées, d'exome, de génome complet, d'ADN circulant, de RNA-Seq ou de single-cell. Dans ce contexte, l’ICR recrute un poste de bio-informaticien en CDI.

Principales activités :

Le bio-informaticien :

- assurera le développement et la maintenance de nouveaux outils bio-informatiques innovants pour la caractérisation ou l'interprétation contextualisée de mutations.

- participera au développement et la maintenance de chaînes de traitement dédiées aux nouvelles stratégies de diagnostic, notamment sur le séquençage ou l'analyse d'exome, de génome complet, d'ADN circulant ou de single-cell.

- évaluera les outils et ressources existants et apportera des nouvelles solutions pour l'intégration et l’analyse de données.

- participera à l'intégration des outils et banques dans les pipelines et outils internes existants.

- participera aux projets des équipes de bio-informatique et de biologistes.

- participera aux réseaux nationaux et internationaux dans les domaines de la bio-informatique et du diagnostic médical.

- pourra participer à l'encadrement d'étudiants.

Profil de recrutement/ Prérequis/ Compétences :

De formation supérieure, de niveau à minima Bac+5 de type ingénieur ou Master en bio-informatique, avec expérience en génomique associée au développement d’outils bio-informatiques autour du NGS.

Savoir-faire requis :

Maîtrise d'un ou plusieurs langages de programmation parmi les suivants : Python3, bash.

Connaissance des méthodes de traitement de données génomiques issues de technologies de séquençage à haut débit (SNV, CNV, SV, épissage, etc.).

Connaissance de gestion de workflow (Snakemake), de conteneurs (Singularity, Conda, Docker) et d'ordonnanceur HPC (Slurm, SGE).

Maîtrise de l’environnement Unix/Linux.

Bonnes notions de statistiques appliquées à la biologie.

Maîtrise de l'anglais scientifique et technique.

Serait un plus :

Notions en apprentissage machine (Scikit-learn).

Notions en R et/ou Perl.

Aptitudes :

Capacité à travailler en équipe dans un milieu interdisciplinaire.

Rigueur, bon esprit d’analyse et de synthèse.

Compétences en communication écrite et orale, en français et en anglais.

Candidature :

Pour postuler, adressez votre candidature (CV à jour + lettre de motivation) par email à l’attention de Ludovic Mallet.

Contact : MALLET Ludovic

Mail : Mallet.Ludovic@iuct-oncopole.fr

Tel : 05.31.15.61.50