Mots-Clés

collections biologiques application web

Description

Contexte de travail

Vous travaillerez à l’Observatoire Midi-Pyrénées (OMP) au sein de l’équipe SEDOO (Services de Données de l’OMP - https://www.sedoo.fr/), en interaction avec le plateau technique de Biologie Moléculaire, Microbiologie et Collections Biologiques (B2M) du laboratoire Évolution et Diversité Biologique (EDB - https://edb.cnrs.fr/).

Le SEDOO a pour mission de développer des applications de stockage, gestion, traitement et diffusion de données scientifiques environnementales. Composé d’une quinzaine de personnes, le SEDOO conduit ses activités au niveau régional à travers les demandes de gestion de données émanant des laboratoires de l’OMP ; au niveau national dans le cadre des pôles de données et de services d’observations visant à suivre l’évolution de paramètres environnementaux sur le long terme ; et international avec sa participation à des programmes internationaux incluant de grandes campagnes de mesures multidisciplinaires. 

Les missions du plateau B2M sont d’appuyer les projets de recherche sur des aspects de biologie moléculaire, microbiologie, bioinformatique et de gestion des collections au sein du laboratoire EDB qui cherche à comprendre les processus écologiques et évolutifs qui génèrent et maintiennent la diversité biologique des individus, des populations et des communautés. En plaçant les interactions entre les organismes au cœur des recherches, les objectifs du laboratoire sont d’évaluer et de caractériser la biodiversité, d’étudier les mécanismes de changement de la biodiversité et d’évaluer le rôle de la sélection dans les populations et la spéciation.

Contexte de développement de l’application

Les activités de recherche à EDB génèrent des collections d’échantillons (plantes, champignons, lichens, animaux, micro-organismes, litières, sols, eau…). Souvent, ces collections sont analysées en vue d’extraire des molécules chimiques dont l’ADN. Actuellement, la collection regroupe plus de 175 000 échantillons. L’investissement en termes de moyens humains et financiers est inestimable: les échantillons sont collectés de par le monde et constituent une véritable archive de la biodiversité. La collection biologique EDB est au service des projets de recherche de l’unité. Il est donc essentiel de conserver durablement ces échantillons et d’assurer leur traçabilité, dans une démarche qualité. Il s’agit aussi de répondre aux contraintes de la loi 2016 pour la reconquête de la biodiversité (archivage et traçabilité des échantillons biologiques pour une période de 20 ans). Par ailleurs, la qualité de l’extraction d’ADN dépend fortement de ces étapes de conservation-archivage-traçabilité.

Ce stage a donc pour objectif de créer un outil (base de données, interface web) permettant de stocker et d’interroger les métadonnées associées à ces échantillons. Le cahier des charges de cet outil sera fourni par le plateau B2M.

Activités

L'objectif du stage est d'assurer le développement de l'outil de manière itérative en contact régulier avec le plateau B2M pour répondre à ses besoins.

Ainsi, il sera demandé de :

- Développer des composants web riches pour la partie frontend

- Développer une API type REST et la persistence traitements de données pour la partie backend

- Travailler en collaboration avec les autres développeurs de l'équipe du SEDOO

- Mener les tests sur l’application développée (et si possible de les automatiser)

- Participer aux choix techniques

- Rédiger et maintenir à jour la documentation sur les différents outils développés et les travaux réalisés 

Compétences

- Connaissances requises dans les domaines suivants :

- Langage de programmation Java (et si possible framework Spring)

- Développement web usuel: CSS3, HTML5 & Javascript

- Framework Javascript de type VueJS/React/Angular

- Connaissances appréciées:

- Méthodologie agile (Scrum)

- Notion de bases de données (SQL ou NoSQL)

- Outils de gestion du code (git)

- Sens du relationnel et aptitude à travailler en équipe