Mots-Clés
Génétique des populations - Bio-informatique - Next-generation sequencing
Description
La structure que vous allez rejoindre
L’Unité Mixte de Recherche INTERTRYP est une unité à taille humaine, composée d’environ 50 chercheurs, ingénieurs, techniciens et étudiants dédiés à des activités de recherche de type « One Health » sur les maladies tropicales dites « négligées », telles que la maladie du sommeil, les leishmanioses, ou la maladie de Chagas, qui affectent les populations les plus vulnérables.
Vous rejoindrez un collectif multiculturel et engagé avec ses partenaires des pays endémiques sur ces problématiques de santé. L’UMR est implantée sur deux sites à Montpellier (Campus CIRAD de Baillarguet et campus IRD Lavalette) ainsi que chez nos partenaires au Mexique, en Guinée et en Côte d’Ivoire.
Une mission attractive
Sous la responsabilité d’Etienne Waleckx, chercheur à l’IRD, au sein d’une équipe impliquée notamment dans les approches d’écologie moléculaire basées sur les techniques de Next-Generation Sequencing (NGS) comme le metabarcoding, et les études de génétique des populations appliquées à Trypanosoma cruzi, agent de la maladie de Chagas, aux autres Trypanosomatidés, et à leurs vecteurs respectifs, vos activités seront les suivantes :
- Développer des outils d’analyse bio-informatique adaptés aux nouvelles techniques de séquençage (NGS).
- Utiliser ces outils pour l’identification et le typage des différents organismes impliqués dans les cycles de transmission de T. cruzi et autres Trypanosomatidés.
- Concevoir et réaliser des études de génétique des populations et de phylogénie de ces organismes (vecteurs et parasites principalement).
- Développer un package R regroupant la plupart des procédures utiles pour les analyses de génétique des populations, aujourd'hui dispersées dans de nombreux packages différents ou dans des logiciels très différents.
- Analyser les données, diffuser et valoriser les résultats par l’écriture d’articles scientifiques avec les chercheurs impliqués.
- Former et encadrer des étudiants et personnels de recherche du nord et du sud, aux outils développés et aux analyses correspondantes.
Vous pourrez être amené à vous déplacer à l’étranger chez nos partenaires.
Votre future équipe
Au sein de l'unité, vous travaillerez principalement avec les agents IRD et Cirad impliqués dans les approches de metabarcoding et autres approches basées sur NGS, ainsi que dans les études de génétique des populations et vous serez en forte interaction avec les partenaires sud-américains et africains.
Le profil que nous recherchons
Vous avez développé les compétences suivantes :
- Compétences en programmation R, Python, et autres langages.
- Connaissances en génétique des populations, phylogénie, bio-informatique et bio-statistiques appliquées à la parasitologie.
- Connaissances et/ou maîtrise des techniques de biologie moléculaire.
- Bonne pratique de l’anglais obligatoire (niveau B2 minimum). La pratique de l’espagnol serait un plus.
Vous faites preuves des qualités humaines suivantes :
- Autonomie.
- Sens critique.
- Intérêt et capacité à travailler en pluridisciplinarité.
- Capacité à interagir dans une équipe multiculturelle.
Vous possédez un Diplôme de niveau 7 (ingénieur) ou de niveau 8 (thèse de doctorat) dans les domaines suivants : génétique des populations/biologie/bio-informatique/parasitologie.
L'IRD, un Institut qui donne du sens à votre carrière
Votre mission au service d'une science engagée pour un futur durable : "l'IRD en 230 secondes".