Mots-Clés

bio-informatique, ingénieur, biologie

Description

DEFINITION DU POSTE

L’Institut Bergonié est le Centre de Lutte Contre le Cancer de Nouvelle Aquitaine. Ses missions sont le soin, l’enseignement et la recherche en cancérologie. Il est doté d’une Direction Données et santé numérique (DDSN) en charge de l’innovation organisationnelle et technologique, du développement du soin à l’aide de dispositifs de santé numérique, du traitement et études de données de vie réelle, du traitement bio-informatique des données haut débit produites dans le cadre de la médecine de précision. Au sein de cette Direction une dizaine de personnes, principalement des ingénieurs possédant une double compétence en santé et en informatique constituent l’Unité Bio- informatique, à laquelle vous serez rattaché(e).

Mission principale :

Vous travaillerez dans le cadre du projet PREDIVAR sur l’automatisation de l’interprétation des variants, en collaboration avec un biologiste rattaché à l’Unité de Pathologie Moléculaire et un data scientist sur les missions suivantes :

Participer à la mise à disposition des bases de données nécessaires pour le développement des algorithmes d’aide à l’interprétation des données génétiques.

Gérer les évolutions nécessaires au développement de ces algorithmes sur les fonctionnalités du logiciel d’interprétation des données développé par l’institut : GenVarXplorer (GVX).

Vous travaillerez en collaboration étroite avec les biologistes et pathologistes de l’unité de Pathologie Moléculaire du département de Biopathologie de l’institut Bergonié.

Activités générales :

• Récupérer et structurer les (bases de) données nécessaires à l’interprétation des variants génétiques.
• Effectuer du data mining sur les données de littérature.
• Intégrer des données cliniques / multi-omiques dans le logiciel GVX pour l’interprétation des données NGS, en assurant l’interopérabilité des données.
• Assurer la configuration et le développement de nouvelles fonctionnalités de GVX.

Activités spécifiques :

• Assurer la cohérence des traitements de données avec la réglementation.
• Rédiger la documentation liée aux activités et former les utilisateurs.
• Interagir avec les biologistes et cliniciens en adéquation avec les besoins des projets.
• Travailler en équipe avec les autres bio-informaticiens de l’unité pour la bonne articulation des différents projets.

Profil attendu :

• Ingénieur informatique (biologie/santé), Master bio-informatique.
• Appétence pour les données
• Expérience dans la compréhension et la manipulation des données génomiques
• Connaissance en cancérologie sera appréciée favorablement

Compétences requises :

• Travail sous environnement linux
• Maitrise du langage Python
• Développement web (angularjs,Python Flask)
• Gestion de version Git
• Connaissance des SGBD
• Expérience en data mining est un plus
• Autonomie et capacité d’apprentissage rapide

Atouts du poste :

• Accessibilité: transports en commun à proximité, places de parking, parking vélos sécurisé.
• Prise en charge de l’abonnement transport en commun à 60% ;
• Comité Social et Économique : chèques cadeaux, chèques rentrée scolaire, places de cinéma… ;
• Restauration collective sur place avec tarif préférentiel (3,41€) ;

Rémunération & organisation du poste :

• Contrat de 39h/semaine avec 22 RTT/an
• Rémunération selon la grille de rémunération des CLCC,  niveau cadre 1, 38 580€ à 42 856€ par an selon expérience du candidat.

Date limite de candidature :

Expressions des candidatures à bergonie.recrutement@bordeaux.unicancer.fr (CV et lettre motivation)

L’Institut Bergonié s’engage en faveur de la diversité culturelle, l’égalité hommes-femmes et l’emploi des travailleurs handicapés.