Mots-Clés

C++ k-mers

Description

Missions

L'ingénieur/ingénieure recruté complètera les développements en C++ pour des logiciels de bioinformatique conçus par les chercheurs et enseignants-chercheurs de l'équipe MAB (Méthodes et algorithmes pour la bio informatique) du LIRMM. Ces logiciels sont basés sur les k-mers (sous-chaînes de longueur k des séquences biologiques). Sous la direction conjointe des auteurs des logiciels concernés et du responsable de la plateforme de bioinformatique ATGC (http://www.atgc-montpellier.fr/) portée par l'équipe, l'ingénieur/ingénieure veillera à leur intégration au sein de la plateforme.

Activités

La personne recrutée sera amenée à finaliser le développement logiciel et l'évaluation des outils à base de k-mers développés au sein de l'équipe :
* librairie libGkArrays-MPI et le logiciel gkampi (https://gite.lirmm.fr/doccy/libGkArrays-MPI) permettant le comptage et l'indexation des k-mers présents dans des grands volumes de séquences biologiques (calcul distribué) ;
* Le logiciel RedOak (https://gite.lirmm.fr/doccy/RedOak) exploitant la librairie libGkArrays-MPI et permettant d'indexer la présence/absence de k-mers dans des grandes collections de séquences biologiques similaires ;
* Le logiciel SHERPAS permettant d'identifier les virus recombinants et de reconstituer les multiples origines phylogénétiques de leur génome (pas de compétences en calcul distribué requises pour cette partie du projet).
Dans ce contexte, elle devra :
* Mettre en place les tests logiciels (tant au niveau structurels que fonctionnels) ;
* Rédiger et maintenir à jour la documentation sur les différents outils développés et les travaux réalisés ;
* Participer à des réunions de travail et aux choix techniques ;
* Analyser les performances des outils et proposer le cas échéant des optimisations de code.

Compétences

Niveau d'études souhaités: Bac+8 ou Bac+5 avec expérience ou très bon niveau de programmation.
Compétences en informatique ou bioinformatique avec connaissances et expériences en développement informatique et génie logiciel ou en architecture des ordinateurs
* Compétences requises :
* Programmation : C++, OpenMP, Open-MPI ;
* Environnement : GNU/Linux, Git, intégration continue ;
* Gout pour le travail en équipe ;
* Compétences en communication écrite et orale ;
* Bonne pratique de l'anglais à l'écrit.
* Les compétences suivantes seront appréciées :
* Programmation : valgrind, gdb, doxygen, LaTeX, bash, awk ;
* Utilisation de vim ou emacs ;
* Gestionnaire de grille de calcul Slurm et/ou SGE ;

Contexte de travail

L'ingénieur/ingénieure travaillera dans un environnement stimulant au sein de la plateforme de bioinformatique ATGC (http://www.atgc-montpellier.fr/) du LIRMM (https://www.lirmm.fr/) portée par l'équipe MAB (http://www.lirmm.fr/recherche/equipes/mab).
Il/Elle sera localisée au LIRMM, sur le campus St Priest de l'Université de Montpellier dans un bureau de l'équipe MAB et disposera d'un accès au cluster de calcul de l'équipe ainsi que d'un accès au mésocentre Meso@LR (https://meso-lr.umontpellier.fr/).
Il/Elle fera partie du service appui à la recherche du laboratoire qui regroupe 16 ingénieurs. Les différentes missions seront exécutées sous la supervision de M. Lefort, M. Mancheron et M. Pardi avec un degré d'autonomie dépendant du candidat.

Contraintes et risques

Ce poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST) et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.