Mots-Clés

Bioinformatique, génomique, maladies rares, machine learning, épigénétique, séquençage, intégration

Description

Ingénieur d'Etude/de Recherche en Bioinformatique & Génomique – Equipe GAD, Dijon – SATT Sayens

Léquipe GAD (Génétique des Anomalies du Développement) a pour but de répondre à des questions que les structures actuelles ne peuvent résoudre individuellement, concernant à la fois le diagnostic et la prise en charge individuelle de patients atteints de maladies génétiques rares. Elle a été conçue à partir de l'analyse des besoins des patients et des impératifs organisationnels causés par l'émergence de technologies innovantes. Elle facilite la transition de la recherche vers les soins pour que les patients puissent bénéficier plus rapidement de technologies innovantes. Elle contribue à promouvoir le développement de stratégies thérapeutiques et la diffusion des connaissances aux étudiants, aux professionnels, et plus largement au grand public.

Dans ce contexte, l’équipe GAD développe ces axes technologiques par le biais de la Business Unit OrphanOmiX, et plus particulièrement par le travail d’un bioinformaticien recruté par la SATT Sayens qui sera fortement impliqué dans ces travaux de développement.

Dans ce cadre, nous proposons donc un poste d'ingénieur d'étude ou de recherche en bioinformatique. Le candidat se joindra à une équipe dynamique proposant des services de bioinformatique et d'interprétation clinique de données génomiques pour le diagnostic de maladies génétiques rares. Son rôle consistera à travailler en étroite collaboration avec le personnel scientifique et médical du centre de recherche INSERM U1231, équipe GAD de l'Université de Bourgogne (http://gad-bfc.org/) afin d'identifier les bases génétiques de maladies rares à l'aide de technologies de séquençage nouvelle-génération (DNA-Seq ciblé, exome et génome entier, RNASeq). Le titulaire du poste sera chargé des aspects opérationnels, du développement et du maintien d'outils bioinformatiques pour l'analyse, la visualisation et l'interprétation de données génomiques. Il participera également aux thématiques de recherche en bioinformatique de l’équipe composée de 4 bioinformaticiens.

L'équipe de génétique médicale de Dijon fait figure de leader dans le domaine de la génomique d'anomalies du développement au niveau national. Les thèmes de recherche bioinformatique de l‘équipe sont très diversifiés telles que la création de nouvelles méthodes d’analyse, le RNASeq, les technologies de séquençage de 3ème génération (Oxford Nanopore, Pacific BioSciences), les GPU, les interfaces, etc. L’équipe a également accès à un mesocentre de calcul (CCUB) disposant de plus de 6000 coeurs de calcul, pour une puissance crète d’environ 800 Tflops assurant les besoins en calcul des analyses bioinformatiques.

Dijon est la capitale de la Bourgogne, une des régions les plus riches de France du point de vue historique et culturel. La ville jouit d'une excellente qualité de vie et est bien connectée à diverses villes françaises (Paris, Lille, Strasbourg, Lyon, Marseille, Nice) et suisses (Zürich, Bâle, Lausanne, Berne).

Formation

• Master ou PhD (ou diplôme équivalent) en bioinformatique.

• Au minimum 1 an d'expérience en analyse de données de séquençage nouvelle-génération (DNA-Seq). Aucune candidature sans expérience avérée dans le domaine ne sera considérée.

Compétences requises

• Maîtrise parfaite des logiciels d'analyse de séquençage nouvelle-génération (BWA, Picard, Samtools, GATK).

• Maîtrise du système d'exploitation Unix / Linux.

• Programmation : Connaissance de Python obligatoire. Bonne connaissance des scripts bash requise. Connaissance pratique d'un langage parmi C / C++ / Java.

• Connaissances de base en génétique humaine.

• Connaissance des bases de données d'annotation de séquences et de variations couramment utilisées en génétique humaine.

Qualités requises

• Grande rigueur, autonomie et très bon sens de l'organisation.

• Curiosité intellectuelle et scientifique développée.

• Excellentes aptitudes de communication et relationnelles.

• Capacité à travailler en équipe.

Informations contractuelles

• CDD de 1 an, renouvelable

• Rémunération en fonction de l'expérience et des diplômes.

• Le poste est à pourvoir dès le 1er Mai 2023

Les candidatures (CV, lettre de motivation) sont à adresser à Yannis Duffourd et Julie Parel à l’adresse suivante : recrute@sayens.fr et seront acceptées jusqu'à ce que le poste soit pourvu.