Mots-Clés

génomique transcriptomique chromatine single-cell

Description

Missions du poste
 - Analyse de génomes
 - Analyse du transcriptome (RNA-seq)
 - Analyse de la conformation de la chromatine (4C-seq)
 - Analyse multi-omic à l’échelle de la cellule (scRNA-seq et scATAC-seq)

Environnement
Les thématiques de recherche de l’ULR7364 RADEME sont les Maladies Rares du Développement, avec un intérêt particulier pour les anomalies de la régulation génique. L’identification des mécanismes génétiques responsables du phénotype est recherchée à travers le séquençage du génome (WGS), l’analyse du transcriptome (RNA-seq), l’analyse de la conformation chromatinienne (4C-seq), le séquençage de troisième génération. Les conséquences développementales des variations identifiées sont étudiées grâce à des modèles organoïdes ou embryon de poulet par analyses ‘multi-omic’ à l’échelle de la cellule (scRNA-seq, scATAC-seq). Le/la candidat.e aura la charge du traitement des données issues de ces analyses, en lien avec le chercheur ou la chercheuse en charge du projet et l'équipe de bio-informatique du CHU de Lille. Le candidat sera hébergé au sein de l'équipe bioinformatique constitutée de 10 personnels dédié à l'analyse des données à visée médicale.

Savoir-faire
• Analyse bio-informatique (R et python)
• Gestion et maintenance d'environnements d'analyses de type Conda / Docker / Singularity
• Maitrise d'un langage de gestion de workflow (Nextflow, snakemake)
• Identifier des variants candidat responsables de phénotype à partir des données de séquençage du génome
• Identifier des anomalies de conformation de la chromatine (4C-seq)
• Identifier des clusters de gènes dérégulés à partir des données de RNA-seq
• Identifier des transcrits aberrants sur les données de RNA-seq
• Veille technique sur l'évolution des outils d'analyse