Mots-Clés

dataviz R shiny

Description

PROPOSITION DE STAGE : UMR AGAP

Réalisation d'une interface dynamique et conviviale pour la visualisation de réseaux de gènes

Lien vers l'offre : https://umr-agap.cirad.fr/offres-d-emploi-et-stages/offres-de-stage/offre-de-stage-cca-genomique-fonctionnelle-realisation-d-une-interface-dynamique-et-conviviale-pour-la-visualisation-de-reseaux-de-genes

CONTACT : Alexandre Soriano et Marilyne Summo (alexandre.soriano@cirad.fr; marilyne.summo@cirad.fr)

Contexte

Dans notre unité, nous générons des données haut débit transcriptomiques et métabolomiques pour répondre à certaines questions biologiques. Ces données peuvent être utilisées pour inférer des réseaux biologiques. Un réseau biologique est constitué de nœuds représentant des molécules telles que des gènes, métabolites..., et des arêtes représentant les connections biologiques, statistiques, ... entre ces molécules. Une étape clé de l’analyse de ces réseaux passe par la visualisation et nécessite d’avoir accès à des outils adaptés, permettant non seulement de visualiser les réseaux en question, mais également de les analyser de différentes manières. Les outils disponibles actuellement ne répondent pas à tous les besoins formulés par la communauté impliquée au sein de l’UMR AGAP.

Objectif du Stage

Développement d’une interface R Shiny pour visualiser des réseaux biologiques (gènes, métabolites...). La visualisation devra être interactive pour répondre à certains critères (modification du seuil de corrélation, sélection d’un réseau autour d’un gène d’intérêt, annotation ontologique...).

Pour atteindre cet objectif, le candidat aura les missions suivantes :

• Identifier le/les modules existants répondant à nos critères de visualisation.

• Développer l’interface

• Compléter l’interface avec différentes fonctionnalités : enrichissement ontologique, recherche

  d’informations sur les gènes et orthologues, ...

• Tester et valider l’outil en collaboration avec les biologistes

• Rédiger un manuel d’utilisation

• Mise en ligne de l’outil

• [Optionnel] Intégration de l’interface à d’autres outils existants (DIANE)

• [Optionnel] Ajout de fonctionnalités avancées R Shiny et/ou JavaScript

  Profil recherché

• Avoir suivi ou suivre une formation en informatique / bioinformatique / sciences des données / biologie Compétences recherchées :

• Programmation R (Eventuellement R Shiny)

• Environnement UNIX/Linux

• Outils de versioning, travail collaboratif Git / Github

• Intérêt pour la génomique des plantes.

• Connaissance de base en Javascript