Mots-Clés

Cerveau, cancer et immunité, scRNAseq, ATAC-Seq, méthylome

Description

Environnement scientifique :

Les équipes du Groupe Hospitalo-Universitaire AP-HP- Sorbonne Université, avec Sorbonne Université, l’INSERM et le CRNS ont obtenu en janvier 2023 le renouvellement de la labellisation SIRIC « Site Intégré de Recherche sur le Cancer » pour le projet CURAMUS. La labélisation SIRIC, initiée par l’INCa dans le cadre du Plan Cancer, vise à réunir des forces médicales, scientifiques et technologiques pour mettre en place des projets de recherche translationnelle d’excellence afin de contribuer à une meilleure connaissance et prise en charge des cancers. Le SIRIC CURAMUS est dirigé par Pr. Sanson (PSL). Il a vocation à renforcer la capacité à transférer rapidement les résultats de la recherche au soin du patient, en développant des programmes de recherche visant à améliorer la prévention, le diagnostic et le traitement des cancers, autour de trois thématiques :

1. Programme 1 : Cerveau, cancer et immunité – dialogue cellulaire dans les tumeurs cérébrales, coordonné par le Dr Mehdi Touat et le Dr Marie-Caroline Dieu-Nosjean
2. Programme 2 : Les cancers hématologiques rares et agressifs dans leur écosystème, coordonné par le Pr Florence Nguyen-Khac et le Dr Vincent Vieillard
3. Programme 3 : Instabilité des microsatellites et cancer, coordonné par le Pr Alex Duval et le Dr Florence Renaud

Ces programmes visent une meilleure compréhension de la génétique et du microenvironnement immunitaire de ces tumeurs, le développement de traitements personnalisés et une amélioration du parcours du patient et de sa qualité de vie.  Ils sont complétés par des expertises transversales notamment en intelligence artificielle avec la participation du Pr Xavier Tannier et en humanités médicales avec le groupe de recherche interdisciplinaire en humanités médicales mené par le Pr Karine Berthelot-Guiet.

L’ingénieur d’étude sera dédié au Programme 1 du SIRIC CURAMUS et travaillera en étroite collaboration avec l’équipe Génétique et développement des tumeurs cérébrales à l’institut du cerveau (ICM), dirigée par le Pr Marc SANSON & Emmanuelle HUILLARD, et l’équipe Microenvironnement Immunitaire et Immunothérapie au Centre d'immunologie et des maladies infectieuses (CIMI), dirigée par le Dr Marie-Caroline Dieu-Nosjean. Les principaux objectifs sont : i) une meilleure compréhension des mécanismes conduisant à la résistance aux thérapies conventionnelles et aux immunothérapies, ii) le développement de nouveaux biomarqueurs pronostics et prédictifs, et iii) le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

L’Equipe de Bioinformatique du SIRIC est composé de 4 Ingénieurs d’étude et dirigé par PY Boëlle, PU-PH. Les missions générales sont : i) contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique du SIRIC-CURAMUS, ii) développer et maintenir des pipelines d’analyse de données génétiques, iii) développer des modules d’analyse pour l’interprétation de données génétiques, génomiques et transcriptomiques menées par les équipes de biologie moléculaire, iv) contribuer à l’animation scientifique de l’équipe Bioinformatique du SIRIC et v) contribuer à la formation en bioinformatique et en analyse de données OMICs des doctorants de l’équipe. Ainsi, l’ingénieur travaillera en étroite collaboration avec les médecins, chercheurs, étudiants et bioinformaticiens des équipes de recherche et de l’équipe Bioinformatique du SIRIC.

Missions spécifiques du candidat :

Réaliser des analyses scRNAseq (trajectory/velocity analysis), ATAC-Seq et de méthylome issus des tumeurs du système nerveux central. Intégrer les résultats avec les données d’annotation clinique des cohortes déjà constituées, et avec les expériences de validation fonctionnelle réalisées au laboratoire.

Expérience et diplômes requis :

- Master en bioinformatique en biostatistique ou équivalent.

Savoir-faire :

- Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en études de faisabilité, en solutions, en programmes

- Concevoir, exécuter et suivre un plan d’activités Bioinformatiques

- Capacité à communiquer des résultats clairs et concis à divers publics, à l’oral comme à l’écrit

- Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, R ou autre langage orienté objet

- Bonnes connaissances des outils standards de bioinformatique pour l’analyse et l'interprétation des données de séquençage haut-débit (DNA, RNA-seq et méthylation)

- Utilisation de cluster de calcul (SLURM) et de gestionnaire de workflow type Nextflow

- Rigueur, dynamisme, capacité à travailler en autonomie.

- Excellent esprit d’équipe, attrait pour les interactions avec les biologistes

- Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle

- Des connaissances en oncologie ou immunologie seront un plus

Connaissances :

- Anglais scientifique

- Bureautique

- Gestion de données relatives à son domaine

- Éthique et déontologie médicale

- Conduite de projet

Le plus du poste :

Possibilité réelle de titularisation sur concours IE du ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche, à l’issu du CDD, voire en cours de CDD.