Mots-Clés

Données FAIR

Description

L'UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales (AGAP institut) recrute un.e ingénieur.e en informatique ou science des données pour déployer des systèmes de management de données omiques massives.

L'UMR AGAP Institut, génère des quantités massives de données omiques, de la génomique sous l'impulsion des progrès des nouvelles technologies de séquençage, à la phénomique avec l'utilisation du phénotypage haut débit.
Vous serez en charge de déployer des systèmes de management de données qui tracent tout le cycle de vie des données produites et analysées par l'unité, et permettent de les rendre FAIR, à savoir, faciles à trouver, accessibles, interopérables, et réutilisables. Vous favoriserez le moissonnage automatique des données et leur intégration au sein de Systèmes d'Information (SI) scientifique comme les Genome Hubs de la plateforme South Green, ou ceux dédiées à la gestion des ressources génétiques et de l'amélioration des plantes tels que Florilege et BMS. Ces SI sont connectés à des outils d'analyse et de visualisation. 
Vous développerez en priorité et ferez vivre des entrepôts de données FAIR répondant aux besoins des utilisateurs. A moyen terme, vous implémenterez l'interopérabilité avec des systèmes externes comme ceux gérant, par exemple, les plans de gestion de données actionnables par machine ou qui gère la soumission des données de séquences aux entrepôts génériques et thématiques européens et internationaux.
Vous pourrez vous appuyer sur une infrastructure de données et de calcul gérée par le plateau Bioinformatique de l'unité et hébergée par le mésocentre Meso@LR.
Vos développements prendront en compte l'aspect CARE (avantage collectif, autorité en matière de contrôle, responsabilité, éthique) afin de respecter l'accès et le partage des avantages aux partenaires de pays méditerranéens et tropicaux. 
Vous travaillerez en interaction avec le réseau South Green, le réseau des référents données de l'INRAe, l'IFB (Institut Français de Bioinformatique), l'ISDM (Institut des Sciences des Données Montpellier), le réseau européen Elixir. Vous aurez une partie d'activités transversales au-delà de l'unité dans laquelle vous veillerez à faire bénéficier de vos compétences (eg. mutualisation d'outils, formation) les autres unités du département Bios auquel se rattache l'unité AGAPi, notamment par l'intermédiaire d'un réseau de points focaux opérationnels ‘données' qui sera mis en place entre les différentes unités.
Vous serez accueilli.e au sein du collectif bioinformatique de l'UMR AGAP Institut.