Mots-Clés

bio-informatique génomique microbienne clones à haut risque épidémique

Description

TITRE DU PROJET : Génomique comparative et phylogénomique des clones à haut risque épidémique du pathogène bactérien Pseudomonas aeruginosa pour la caractérisation génétique de leur succès.

Pseudomonas aeruginosa, une bactérie à Gram négatif, est un pathogène opportuniste pour l’homme. Naturellement résistante à certains antibiotiques, elle peut également acquérir de nouveaux mécanismes de résistance par mutation ou acquisition de gènes extrinsèques par transfert horizontal. On parle alors de clones multi-résistant (MDR) or extrêmement résistant (XDR) aux antibiotiques. La structure de population de P. aeruginosa est non clonale épidémique. En d’autres termes, quelques clones prédominants sont sélectionnés d’un fond abondant de souches rares. Ces clones sont nommés à haut risque épidémique (HRE).

L’objectif de cette thèse est de mieux caractériser la structure évolutive de ces clones à HRE et leur contenu génétique en comparaison à un panel de souches non épidémiques. De plus, une approche expérimentale par RNASeq déterminera les différences de réponses de ces clones à HRE à un stress abiotique.

Pour ce faire, le(a) doctorant(e) utilisera les génomes déjà présents dans les bases de données (issues principalement de prélèvements cliniques), complétés par des génomes de souches environnementales conservées au CHU de Besançon.

Enfin, les fonctions biologiques enrichies dans les clones à HRE seront évaluées phénotypiquement sur ces clones et sur des mutants K-O pour valider les hypothèses décrites.

L’identification de fonctions biologiques communes aux clones à HRE permettra de mieux comprendre leur nature épidémique et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et épidémiologiques. Le(a) candidat(e) devra être à l’aise avec les outils informatique d’analyse de séquences et avoir des connaissances dans la génomique microbienne