Mots-Clés

snakemake, debian, docker et biologie humaine

Description

Présentation de la structure

Le projet SeqOIA :

Le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), la plateforme génomique de Paris Région, a été sélectionné par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet pour la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire, du Plan France Médecine Génomique 2025 qui promeut la mise en œuvre et la prospective sur 10 ans des conditions de l’accès au diagnostic génétique en France.

Doté d’une équipe bioinformatique dédiée (SeqOIA-IT), SeqOIA développe et déploie ses propres solutions logicielles innovantes pour la prescription médicale (SPICE), l’analyse et l’interprétation de données (GLEAVES). Elle s’appuie sur une infrastructure de calcul et stockage HPC de 4000+ coeurs, 18+ To RAM, 2 Po de scratch et 10 Po d’archivage. Son objectif est de séquencer 18 000 équivalents génomes par an à partir de 2023.

Identification du poste

Type de contrat : CDI

Fonction : Ingénieur Intégrateur en Bioinformatique
Grade : Bioinformaticien

• Liaisons hiérarchiques :
  L’administrateur du GCS (élu par l’assemblée générale du GCS)
  Directeur opérationnel du GCS (élu par l’assemblée générale du GCS)
  Directeur SeqOIA-IT (élu par l’assemblée générale du GCS)

  Responsable de l’équipe intégration

• Liaisons fonctionnelles :
  Les directions fonctionnelles des 3 membres du GCS pertinentes selon les sujets
  Le partenaire industriel CREFIX

Missions du poste

L’ingénieur Intégrateur en Bioinformatique sur la plateforme SeqOIA-IT du GCS SeqOIA exerce les missions suivantes :

• Maintien opérationnel et gestion des analyses bioinformatiques exécutées dans le cadre de la production

• Implémentation et mise à jour des pipelines et outils d’analyses

• Innovation, développement et mise en place des outils de gestion de la chaîne de production

• Support envers les différents acteurs impliqués dans la chaîne de traitement de données de séquençage

Compétences requises

Formations et/ou qualifications : école d’ingénieur ou formation universitaire équivalente (Master, phD) en bioinformatique ou informatique

Connaissances et compétences particulières requises :

• Excellente connaissance de langages de script : Python, Bash et R

• Excellente maîtrise d’un environnement Linux : Debian, Ubuntu

• Connaissance d’ un gestionnaire de pipelines : Snakemake, NextFlow

• Bonnes pratiques de développement informatique (gestion de versions, tests fonctionnels, etc..) : GitLab

• Connaissance des environnements virtuels : Docker

• Expérience de travail sur un environnement cluster de calculs

Qualités requises

• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles

• Intérêt pour la génomique dans un contexte clinique

• Faire preuve de rigueur

• Savoir gérer les priorités, faire preuve d’initiatives

• Adéquation avec les valeurs de l’hôpital public et d’une appétence pour les défis ambitieux

Localisation du poste

Lieu : Plateau technique bioinformatique (SeqOIA-IT)

Campus Picpus, 33 boulevard Picpus, 75012 PARIS

Télétravail envisageable