Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

épidémiologie, biostatistiques, informatique biomédicale, génétique humaine

Description

Mission principale :

Le projet de Recherche Hospitalo-Universitaire en santé (RHU5) COVIFERON, porté par le Pr. Jean-Laurent Casanova, vise à déchiffrer les bases génétiques et immunologiques des différentes formes de COVID-19, à développer des tests de détection des auto-anticorps anti interférons de type I (IFN-I), et à proposer des nouvelles alternatives thérapeutiques contre la COVID-19.  Dans le cadre de ce projet, nous recherchons un(e) Data Manager / Chargé(e) d’études statistiques. Le poste à pourvoir est basé dans le laboratoire de Génétique Humaine des Maladies Infectieuses, à l’Institut Imagine, à Paris.

Les missions principales du Data Manager seront d’assurer l’administration et le contrôle qualité de la base de données biomédicales centralisée (créée sous REDCap®), et de croiser les données de la base avec les données génétiques des patients (séquençage haut débit) afin de réaliser des analyses d’association génétique standardisées.

Activités :

1. Administration de la base de données centralisée :

• Maintenance et gestion de la base de données sous REDCap®, optimisation de la structure ou du fonctionnement de cette base au cours du projet
• Contrôle qualité des données recueillies (contrôles systématiques de cohérences, création de rapports automatiques pour correction, nettoyage de la base, etc.)
• Rédaction des procédures de gestion et de contrôle qualité des données et de traçabilité des modifications sur les données, du dictionnaire des variables et autres documentations nécessaires au projet
• Préparation d’extraction de données en vue d’analyses statistiques
• Participation à la rédaction des différents rapports d’avancement du projet (investigateurs, financeur, coordinateur, promoteur) : reporting des inclusions et suivi, description de l’état d’avancement du data management, cohérence et complétion des données, description de la population d’étude
• Participation à la gestion des aspects réglementaires

2. Analyses d’association génétique :

• Analyses descriptives détaillées des données cliniques
• Croisement des données de la base biomédicale avec les données génétiques disponibles (séquençage de l’exome ou du génome)
•  Etude d’association entre les variants génétiques et les différents phénotypes cliniques en lien avec l’infection par le SARS-CoV-2

Savoir-faire requis et connaissances associées :

Compétences professionnelles requises :

• Maitrise des principes de gestion de bases de données
• Expérience d’utilisation du logiciel REDCap® appréciée
• Connaissances en biostatistiques et en épidémiologie
• Bases en génétique humaine très appréciées
• Connaissance du langage R
• Connaissance de l’environnement linux
• Lire des scripts shell et comprendre leur fonctionnement
• Maîtrise de l’outil informatique (Word, Excel, power point)
• Aptitude à travailler en équipe, à s’adapter aux contraintes
• Confidentialité : le data manager est soumis au secret professionnel dans le cadre des données qu’il aura à gérer
• Sens de l’organisation, rigueur et respect des délais
• Bonnes capacités rédactionnelles
• Maîtrise de la langue anglaise

Qualités requises :

•  Éthique et déontologie médicales
•  Qualités relationnelles et goût pour le travail en équipe
•  Dynamisme et mobilité
•  Rigueur, méthode et aptitude à la gestion des priorités
•  Sens de l’initiative
•  Discrétion et respect de la confidentialité

Expérience et contexte

• Bac +5 (Master) spécialisé en épidémiologie, biostatistiques, informatique biomédicale ou discipline apparentée