Mots-Clés
apprentissage
bioinformatique
génomique
métagénomique
développement logiciel
banque de données intégrative
Description
Contexte du projet:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
L’unité d’accueil est l’Institut Micalis qui est une unité mixte de recherche (UMR) associant l’INRAE et AgroParisTech et faisant partie de l’Université Paris-Saclay (UPSaclay). Sa mission est le développement de recherches novatrices dans le champ de la « Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé ». Au sein de cette unité, l’équipe d’accueil est l’équipe Food Microbial Ecology (FME) qui fait partie du pôle « Ecosystèmes alimentaires et digestifs » de l’UMR MICALIS. Elle est composée de 7 agents titulaires parmi lesquels 3 directeurs de recherche, un professeur, un chargé de recherche et 2 ingénieurs de recherche. FME s’intéresse aux règles qui gouvernent les écosystèmes alimentaires afin d’en améliorer la qualité, la sécurité et la conservation que ce soit à travers des procédés fermentaires ou de bio-préservation. Nous travaillons en particulier sur les écosystèmes laitiers et carnés. Ces études visent en particulier à prédire et piloter les écosystèmes dans un but d’en assurer la sécurité et la qualité. Notre approche est interdisciplinaire car elle combine les résultats d’analyses multi-omiques (génomique, métagénomique, métatranscriptomique et métabolomique), d’écologie microbienne et de bioinformatique avec pour objectif de créer de nouvelles connaissances et de développer des programmes innovants en collaboration avec les industriels du secteur des aliments fermentés.
Objectif du projet:
L'objectif du poste est de développer une banque de données génomique et métagénomique visant à élucider les interactions microbiennes entre les matrices alimentaires et la flore intestinale. Il s'agit de mobiliser des compétences précises en développement d’applications informatiques et en intégration de données biologiques de natures hétérogènes.
L'apprenti bénéficiera d'un environnement propice à la mise en place d'un réseau professionnel solide grâce aux nombreuses collaborations scientifiques et académiques et aura à sa disposition un poste de travail récent et performant. Il aura accès aux capacités de stockage de l'institut ainsi qu'aux serveurs de calcul de la plateforme Migale.