Mots-Clés
RNAseq
RiboSeq
FAIR
Snakelike
Docker
Bash
R
Python
Description
Descriptif du projet et de l'environnement de travail:
Ce travail s'inscrit dans un projet financé par l'ANR qui vise à étudier les régulations traductionnelles par "ribosome profiling" dans différents organismes allant des virus géants jusqu’à l’Homme en passant par les bactéries pathogènes. Cette approche originale permet d'avoir une vision globale de la traduction de tous les ARNm dans la cellule, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome.
Le (la) candidat(e) intégrera l'équipe de Génomique, Structure, et Traduction (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/equipe-genomics-structure-and-translation/) spécialisée dans l'étude des mécanismes de la fidélité de la traduction chez les eucaryotes. Elle est située au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) basé sur le campus d'Orsay/Gif-sur-Yvette (http://www.i2bc.paris-saclay.fr/) au cœur du plateau de Saclay et de la nouvelle université Paris-Saclay.
Bien que le (la) candidat(e) sera recruté(e) au sein d’une équipe de biologistes, il (elle) sera amené(e) à interagir avec les plateformes de séquençage massif de Gif-sur-Yvette ainsi qu'avec les équipes de bio-informatique de l'I2BC. Cet environnement de travail fourni un cadre exceptionnel pour le développement de nouveaux outils bioinformatiques, mais nécessite de bonnes qualités relationnelles.
Descriptif du poste:
CDD niveau ingénieur d'étude éventuellement renouvelable selon la disponibilité des financements. Le poste est à pourvoir dès le mois de septembre 2023, pour une durée minimale d'un an, renouvelable. La rémunération est fonction de l'expérience professionnelle du candidat. L'activité de l'ingénieur(e), se fera sous la direction scientifique du responsable du projet. Il (elle) sera en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit générées dans l’équipe (Ribosome profiling, RNAseq) à partir de différentes cellules (Cellules humaines saines ou cancéreuses, virus ou bactéries pathogènes). Il s'agit donc d'un environnement de travail riche et stimulant, nécessitant de traiter des données assez variées.
Ce travail sera complété par le développement et la maintenance d'outils informatiques spécifiques à l'analyse du traductome (RiboSeq). Ces outils permettront une analyse qualitative et quantitatives des résultats de séquençage afin de permettre de regrouper les gènes candidats par familles (clusters) fonctionnelles.
Pour cela il faudra:
- Analyser la littérature scientifique
- Identifier les réseaux de gènes impliqués dans les différentes conditions expérimentales
- Interroger les banques de données en ligne (KEGG, Gene Ontonlogy etc…).
Profil recherché:
Niveau Master 2, ingénieur, avec une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS.
- Maîtriser les concepts et outils de la bioinformatique.
- Maîtriser un ou plusieurs langage(s) de programmation (Bash, R, Python).
- Connaissances en analyses statistiques de données « omiques ».
- Des notions de biologie/génomique sont obligatoires.
- Des notions FAIR : gestionnaires de version (Git), de pipeline (Snakemake) et de conteneurs (Docker) seraient appréciées
Qualités personnelles :
- Être capable de travailler à l’interface entre les biologistes et les bio-informaticiens.
- Avoir un réel intérêt pour les questions biologiques.
- Faire preuve d’autonomie, d’initiative et d'une forte motivation.
- Être organisé et consciencieux.
- Très bonne aptitude relationnelle pour travailler en équipe