Société Française de Bioinformatique

Profil de poste

Emploi-type

 CDD Ingénieur d’étude

BAP

Missions

L’équipe d’Estelle Duprez, facteurs épigénétiques dans l’hématopoïèse normale et pathologique (Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrute un(e) Ingénieur(e) d’Etudes en bioinformatique pour faire de l’analyse bioinformatique de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire

L’équipe développe une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l’échelle de la cellule unique sur des modèles murins et/ou des cellules de patients leucémiques pour décrypter les mécanismes liés à la leucémie.

La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques des différents projets de l’équipe, elle sera amenée principalement à analyser des données de scRNA-seq avec un volet d’intégration multi-omics. L’objectif est d’étudier les corrélations entre les profils moléculaires et cellulaires en réponses à différents traitements afin de mieux comprendre les déterminants de la réponse/résistance thérapeutique.

Activités

principales

• Analyses bioinformatiques des données transcriptomiques et épigénomiques

Activités

associées

• Encadrement et gestion de projet

Connaissances

· Avoir de bonnes connaissances de génomique et des notions de biologie du cancer

· Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications

· Connaissance de l’environnement Linux/Unix

Savoir-faire

· Maîtrise des outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés pour les analyses de données NGS (RNAseq/single-cell RNAseq)

· Maîtrise d’un langage de script (Python, Bash)

· Excellente maitrise de R

· Utilisation d’outils de versionning pour développement collaboratif (git)

· Utilisation de logiciel de conteneurisation (type docker ou singularity)

Aptitudes

· Le/la candidat(e) doit savoir travailler en équipe et communiquer aussi bien avec des biologistes que des bioinformaticiens

· Travailler avec rigueur et méthode

· Des capacités d’encadrement et de gestion de projet sont également souhaitables.

· L'activité demande un bon niveau d'anglais (écrit et oral) pour échanger sur les résultats des analyses.

/

Expérience

souhaitée

· Une première expérience en analyse NGS est souhaitable 

Diplôme(s)

souhaité(s)

• Bac+5 / Master 

Structure d’accueil

Code unité

U1068

Intitulé

CRCM-Equipe Epigenetic Factors in Normal and Malignant Hematopoiesis

Responsable

Estelle DUPREZ

Composition

Le CRCM accueille plus de 400 personnes regroupées en 23 équipes autonomes, l’équipe d’Estelle Duprez est composée d’une 15aine de personnes

Adresse

27 boulevard Leï Roure 13009 Marseille

Délégation Régionale

Provence Alpes Côte d’Azur et Corse

Contrat

Type

CDD

Durée

De 10 à 12 mois selon l’ancienneté/ renouvelable

Rémunération

Selon les barèmes INSERM

Date souhaitée de prise de fonctions

01/09/2023

Contact

Estelle.duprez@inserm.fr ou mathilde.poplineau@inserm.fr