Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

génomique, transcriptomique, maladies rares

Description

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE

Le service de génétique du CHU de Nantes (chef de service : Pr Stéphane Bézieau) comprend l’unité de génétique clinique, l’unité de cytogénétique, l’unité de génétique moléculaire, et l’unité de diagnostic pré-implantatoire. La génétique moléculaire s’articule autour de plusieurs secteurs : l’oncogénétique, la cardiogénétique, les maladies hémorragiques et les maladies rares. Depuis 2015, des analyses d’exome sont réalisées pour le diagnostic des troubles du neurodéveloppement. Nous avons étudié près de 1500 cas index, avec un rendement diagnostic autour de 32%.

Depuis 2015, le plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) a pour ambition de mettre en place le séquençage du génome entier pour le diagnostic des maladies génétiques rares. Le CHU de Nantes est un acteur de ce plan puisque nous collaborons avec le LBM SeqOIA pour les prescriptions et l’interprétation des génomes (5 biologistes habilités ou en cours d’habilitation). Devant la montée en charge de SeqOIA, nos analyses d’exome sont progressivement remplacées par des analyses de génome entier. Nous avons d’ores et déjà rendu plus de 400 dossiers dans les anomalies du développement. Nous collaborons également activement au développement de SeqOIA, notamment à travers ses évolutions bioinformatiques.

Dans ce contexte, l’activité de notre laboratoire évolue. Le génome génère un nombre important de variants dont l’interprétation est limitée par nos capacités à prédire leurs effets. Le laboratoire développe depuis plusieurs années, à travers des projets dans un cadre diagnostic ou de recherche, les analyses de RNA-Seq à partir de plusieurs types de prélèvements (fibroblastes, sang, urine…). Les données générées montrent que le RNA-Seq a toute sa place pour le diagnostic des maladies rares. Ce poste de bioinformaticien a pour but de mettre en routine diagnostique le RNA-Seq dans le cadre des anomalies du développement.

Environnement du poste

Le pôle de biologie du CHU de Nantes a comme ambition de mettre en place une équipe de bioinformaticiens pour faire face aux nouveaux défis de la biologie et de la génétique constitutionnelle et tumorale tout particulièrement. Ce premier poste en génétique constitutionnelle s’adresse à un bioinformaticien expérimenté dans le domaine de la génomique et/ou de la transcriptomique (un deuxième bioinformaticien sera recruté en 2024 pour un projet en lien avec le laboratoire d’hématologie). Le ou la candidate sera intégré à l’équipe en charge du diagnostic des anomalies du développement, encadrée par le Dr Benjamin COGNE qui a une expérience importante en bioinformatique (2 ETP biologistes, 1 ETP ingénieur hospitalier).

Mission principale et activités

- Mise en place du RNA-Seq : la mise en place aura deux composantes : 1) la validation de l’impact de variants candidats identifiés par exome ou génome sur l’épissage ; 2) l’identification d’anomalies d’expression ou d’épissage chez des patients sans diagnostic après une analyse pangénomique. Le deuxième axe, plus exploratoire, nécessitera un benchmark de plusieurs algorithmes et la création d’un pipeline versionné en adéquation avec les exigences d’un laboratoire accrédité ISO15189. Une sortie annotée et interprétable par les biologistes sera attendue.

- Organisation et exploitation des données de génomes des patients du CHU de Nantes générées par le LBM SeqOIA. Le candidat aura en charge leur transfert et leur exploitation ; notamment en intégrant les données de génome avec les analyses RNA-Seq.

- Administration du serveur linux mis en place pour ce projet

- A terme gestion de l’équipe de bioinformaticiens

Autres activités selon le profil du candidat :

- participer à des projets de recherche en lien avec la génomique et la transcriptomique au sein de l’équipe de génétique de l’institut du thorax (UMR 1087).

- en lien avec la Fédération Hospitalo Universitaire GenOMedS (Génétique Omiques Médecine et Société): analyse de génomes long-read PACBIO chez des patients négatifs après génome short-read et participation au développement de l’outil d’interprétation DIAGHO

- participer à la recherche et développement du laboratoire de génétique par l'implémentation de nouvelles techniques de séquençage et pipelines associés

- participer à la démarche d’accréditation du laboratoire au niveau des pipelines bioinformatiques

Profil recherché

• Diplôme :

Titulaire d’un diplôme en informatique/bioinformatique, de niveau ingénieur, Master 2 ou d’une thèse.

• Compétences requises :
  • Expérience en génomique et/ou transcriptomique, idéalement sur les maladies rares
  • Maîtrise des langages de programmation courants en génomique et transcriptomique (shell, python, R)
  • Maîtrise de l’administration d’un serveur linux
  • Maitrise d’un gestionnaire de workflow (Snakemake/Nextflow)
  • Maîtriser l’outil de versionning Git dans l’environnement GitLab
     
• Expériences et compétences appréciées :
  • Connaissance des principaux outils utilisés en transcriptomique
  • Expérience dans un laboratoire avec une activité diagnostique
  • Expérience en systèmes de gestion de bases de données et interfaces web