Mots-Clés

Tumeurs digestives Maladie rare Protéomique Génétique

Description

Ce stage de Master 2 sera focalisé sur 2 projets distincts mettant en jeu des données protéomiques et génétiques de tumeurs digestives.

Une première étude vise à comparer les profils protéomiques de tumeurs pancréatiques issus de 2 groupes de patients aux pronostics
différents. Une seconde porte sur la caractérisation d’une signature génétique et protéomique du cancer du foie développés dans un contexte d’une maladie rare appelé déficit en Alpha 1-Antitrypsine. Pour ces 2 projets, le but du travail bioinformatique est d’affiner et compléter l’analyse des données protéomiques déjà obtenues (comparaison des profils intergroupe avec clustering, comparaison aux profils des bases de données publiques, gene set enrichment…). Enfin, de nouveaux objectifs pourront s’ajouter au cours du stage, en fonction de la production de nouvelles données, tels que des données génétiques (RNA-seq, panels mutationnels…) qu’il faudra comparer aux profils des bases de données publiques.

Compétences requises: Une bonne maitrise en programmation en R ou en Python par exemple est requise. D'autre part, l’encadrement sera assuré par les Drs Marion Bouchecareilh et Samuel Amintas, tous 2 biologistes au sein de l’unité INSERM U1312 BRIC (Bordeaux Institute of Oncology). Une discussion continue au cours du projet permettra d’approfondir la/les question(s) biologique(s) et les objectifs. Un accompagnement en bioinformatique ponctuel sera disponible via divers intervenants de l’unité de recherche. Cependant, l’étudiant devra faire preuve d’autonomie et d’esprit d’initiative afin de mener à bien son travail, les encadrants principaux n’étant pas spécialistes en bioinformatique (maitrise des notions de bases et de quelques outils). La motivation et l’autonomie sont donc essentielles pour candidater à ce stage.

Informations complémentaires: L’offre de stage s’adresse aux étudiants en Master 2 pour l'année 2023-24, pour une durée de 4 à 6 mois avec gratification (~580 euros par mois, remboursement partiel des titres de transport). Les dates de début et fin sont flexibles. Le stage se déroulera au sin de l'unité INSERM U1312 BRIC (Bordeaux Institute of Oncology; https://www.bricbordeaux.com/) à Bordeaux, sous la co-direction de Samuel Amintas (MCU-PH, BRIC/CHU de Bordeaux) et Marion Bouchecareilh (CRCN, CNRS) tous 2 biologistes. N’hésitez pas à contacter les encadrants pour toute question (samuel.amintas@u-bordeaux.fr; marionb@ibgc.cnrs.fr).