Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Bio-informatique NGS R&D

Description

PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin off de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest  propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet  de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ses tests utilisent  des protocoles propriétaires de traitement des échantillons,  une  plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et  des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis.

Nous recherchons actuellement un Ingénieur Bio-informatique R&D h/f.

Votre mission

Sous la responsabilité du Head of Bioinformatics  vous spécifiez, organisez et planifiez la mise en œuvre d’un projet de recherche et de développement Bio-informatique, depuis sa phase de conception, jusqu’à son transfert en s’appuyant sur des ressources internes ou externes.

Vos responsabilités

• Assurer la recherche, la veille scientifique et technologique et le développement des pipelines d’analyses de la société.
• Être en charge du développement des prototypes de pipeline Bio-informatiques et de leur composants (banques, workflow d’analyses, documentation, benchmarks) en tenant compte des référentiels réglementaires et normatifs en vigueur. 
• Assurer l’implémentation des améliorations métiers des pipelines d’analyse des données de séquençage produites par les différentes plateformes (Nanopore et Illumina) et des rapports.
• Imaginer et discuter avec le Head of Bioinformatics les simulations numériques ayant pour objectif les études de performances analytiques des outils.  
• Suivre la démarche qualité de l’entreprise lors des phases de conception, de développement des produits logiciels bio-informatiques.
• Être expert conseil Bio-informatique (« Subject Matter Expert ») en assistant la force de vente de la société soit par le biais de design puis implémentation de protocoles bio-informatiques pour répondre à des problématiques n’entrant pas dans le cadre des opérations standards.

Votre profil

Diplômé(e) d’un Master en Bio-informatique, vous avez 5 ans d’expérience minimum sur une fonction similaire en R&D sur Illumina et Nanopore.

• Maîtrise des algorithmiques et du développement d’applications pour la bio-informatique
• Maitrise des principaux langages de programmation utilisés en bio-informatique : Python, R, SQL.
• Maitrise du travail sous environnement Linux et sur serveur de calcul haute-performance.
• Connaissance des spécificités technologiques des plateformes de séquençage Illumina et Nanopore. 
• Maîtrise des logiciels de traitement de données de séquençage haut-débit Nanopore et Illumina.
• Connaissance en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique).
• Connaissance de l’écosystème de l’entreprise : son organisation, ses produits, son activité afin de proposer des solutions adaptées aux enjeux de performance de l’entreprise
• Niveau d’anglais avancé

Savoir-faire

• Connaître les spécificités algorithmiques au cœur des outils bio-informatiques et dans quel contexte les utiliser.
• Connaître les outils de développement de pipeline (ex : Snakemake, Github, Docker) et de bases de données.
• Comprendre les impacts de l’architecture du système d’information sur le projet, et bonne connaissance des architectures applicatives.
• Une connaissance du Cloud computing (AWS) serait un plusUne connaissance des principaux algorithmes de machine learning serait un plus.

Savoir-être

• Avoir de bonnes qualités relationnelles et de communication ainsi que le goût du travail d’équipe afin d’assurer une collaboration efficace en interne et en externe.
• Avoir de la rigueur et de l’autonomie pour gérer tous les aspects d’un projet (délai, coût, qualité…).
• Avoir l’esprit d’anticipation de manière à limiter les risques de dérive du projet.
• Faire preuve de curiosité intellectuelle.
• Être capable d’organisation, de planification et de gestion.
• Analyser afin de ne négliger aucun détail, notamment lors des différentes phases du projet

Localisation

• Ce poste est basé près du bureau de Paris (13e arrondissement) en France.

Rémunération

• En fonction de l’expérience du candidat

Les avantages du projet

• Environnement en pleine croissance, start-up dynamique, innovante et ambitieuse
• Une entreprise à la pointe de la génétique, de la bio-informatique et de la biologie moléculaire
• Portefeuille de clients attrayant et d'envergure mondiale