Mots-Clés

Biologie moléculaire et structurale, pharmacologie, évolution

Description

Mission : Dans le cadre d’un laboratoire de recherche en neuroscience moléculaire, l’ingénieur-e contribuera à un projet de recherche visant à explorer l’évolution fonctionnelle et structurale des récepteurs iGluRs (voir ‘contexte scientifique’ ci-dessous). Le projet impliquera de combiner de la modélisation par homologie/ab initio, du docking et de l’analyse évolutive, avec une certaine liberté d’approche. Tout en bénéficiant du réseau d’expertise local en bioinformatique, ce travail sera étroitement associé avec des travaux expérimentaux en cours sur le sujet dans le laboratoire.

Activités principales :

• Utilisation et combinaison d’outils de modélisation, d’alignements, de docking…
• Mise en place et validation d’un outil de prédiction de liaison de ligand.
• Conception et élaboration de méthodes de collecte, stockage et mise à disposition des résultats et analyses (en interaction avec la plateforme bio-informatique).

Activités autres :

• Traitement de données variées (PCA, génomique, fonctions de scoring…)
• Travail en collaboration, vie d’équipe et d’institut.
• Veille technologique et approches exploratoires de prédictions ab initio (alphafold2…)
• Participation encadrement, diffusion et soutien bio-informatique occasionnel

Compétences recherchées : Nous recherchons un-e candidat-e présentant des compétences techniques bioinformatiques, à la fois polyvalentes et spécialisées :

• Compétences en calculs et analyses bioinformatiques en biologie structurale : docking, modélisation et/ou dynamique moléculaire.
• Compétences de programmation (python, R).
• Des connaissances en pharmacologie et/ou analyses phylogéniques seraient un plus.
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Profil recherché : Au moins 6 mois d’expérience en bioinformatique, idéalement en modélisation moléculaire et/ou pharmacologie in silico. Vous êtes rigoureux-ses, d’une large curiosité scientifique (biophysiques, neurobiologie, évolution, biologie marine…) et prêt-es à explorer de nouvelles approches. Vous êtes motivé-es pour rejoindre une équipe active et multidisciplinaire, autour d’une activité en lien concret avec la science expérimentale.

Contexte d’équipe et d’institut :

L’ingénieur-e rejoindra l’équipe de Pierre Paoletti au sein de l’institut de Biologie de l’École Normale Supérieure - IBENS. L’équipe dispose d’une renommée internationale dans le champ des neurosciences moléculaires, en particulier dans l’étude de la fonction et la pharmacologie des récepteurs au glutamate (iGluRs). Elle s’appuie sur le développement d’une approche multi-échelle efficace de l’ingénierie des protéines à la physiologie synaptique. Les méthodologies classiquement employées au laboratoire comprennent une importante partie expérimentale : des tests fonctionnels pharmacologiques, de l’électrophysiologie cellulaire et de développement d’outils optopharmacologiques (et d’autres), mais celles-ci s’appuient régulièrement sur des modèles et prédictions in silico (modèles moléculaires, analyses de données structurales, docking, phylogénie…).

Le laboratoire est pleinement financé et impliqué dans un réseau de collaborateurs locaux, nationaux et internationaux. L’IBENS est un institut internationalement reconnu dédié à la recherche fondamentale en biologie : neuroscience, génomique, évolution, écologie, développement et des plateformes technologiques de haut niveau. Situé dans le centre de Paris, l’IBENS offre un environnement de travail dynamique et accueillant.

Contexte scientifique :

Les récepteurs ionotropiques du glutamate (iGluRs) sont des acteurs clefs de la transmission synaptique dans le système nerveux central (CNS) des vertébrés. Les gènes d’iGluRs sont aussi largement présents dans le règne vivant, mais leur rôle chez les espèces non-vertébrées reste très mal connu, en particulier chez les organismes aneuraux. Les travaux physiologiques de notre équipe (et d’autres) ont récemment révélé l’importance d’un nouveau type de signalisation neurale iGluR-dépendante, dont la signature phylogénétique apparait très ancienne chez les Métazoaires (*). Cette découverte interroge le rôle de cette signalisation -et celui des iGluRs qui la porte- dans l’émergence et évolution du système nerveux. Dans ce cadre, l’objectif du projet que rejoindra l’ingénieur-e sera de contribuer à décrypter le scénario d’évolution fonctionnelle des iGluRs ; comment ils se sont adaptés et ont contribué à la transition entre les systèmes neuraux et aneuraux il y a 600 Millions d’années. Cette double perspective moléculaire et évolutive devrait aussi nourrir les recherches en cours dans l’équipe autour des fonctions et dysfonctions d’iGluRs dans le cerveau de mammifère.

(*) Stroebel et Paoletti. (2021) Journal of Physiology ; Stroebel et al. (2021) Neuropharmacology.