Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

devops, bioinformatique

Description

Un poste d'ingénieur-e d'études en développement d'environnements d'analyses est ouvert à la mobilité pour les trois fonctions publiques sur la plateforme bioinformatique des plantes PlantBioinfoPF de l'URGI.
Important : ce poste peut être localisé sur le centre INRAE Île-de-France Versailles-Saclay (site de Versailles) ou sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse (site d'Auzeville) à la convenance du candidat.

Description et candidature :
https://jobs.inrae.fr/mobilite/campagne-annuelle-mobilite/camob23-ie-bap-5

Peuvent postuler :

• les agents INRAE titulaires ou en CDI de droit public
• les agents des trois fonctions publiques (Etat, Territoriale, Hospitalière) titulaires ou en CDI de droit public

N'hésitez pas à nous contacter :

• Michael ALAUX ( michael.alaux[at]inrae.fr )
• Anne-Françoise ADAM-BLONDON ( anne-francoise.adam-blondon[at]inrae.fr )

Calendrier :

• Clôture des inscriptions : 11 septembre 2023
• Arbitrage du Collège de direction sur les priorités retenues : 23 octobre 2023
• Date de prise de fonction : à partir de février 2024

Environnement de travail, missions et activités :

Vous travaillerez au sein de l'unité de recherche en Génomique-Info (URGI). Cette unité de recherche en bioinformatique d'une vingtaine de personnes développe des outils et des connaissances en lien avec deux grands thèmes, « Fédérations de données» et «Evolution des génomes en lien avec les éléments transposables et les virus endogènes ».
L'unité héberge la plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) d'envergure internationale à laquelle vous appartiendrez. Cette plateforme (i) centralise, intègre et analyse les données génomiques et génétiques des plantes d'intérêt agronomique via l'exploitation du système d'information GnpIS, (ii) assure le développement et l'exploitation de portails de données internationaux (WheatIS, FAIDARE) et nationaux (RARe), ainsi que (iii) l'annotation standardisée et haut débit des éléments répétés dans les génomes. Elle est intégrée dans l'Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics, et dans l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Via l'IFB, elle appartient à l'infrastructure européenne ELIXIR.
Les activités que vous développerez dans le cadre de la plateforme contribueront à maintenir et développer une infrastructure robuste proposant des services de qualité à ses utilisateurs. En particulier, depuis quelques années, la plateforme fait évoluer ses environnements d'annotation des éléments transposables et des virus endogènes des génomes pour les rendre plus facile à maintenir et plus ouverts au co-développement (simplification et portage dans des frameworks type Snakemake), plus portables (virtualisation, containérisation) et toujours plus efficients (calculs de plus en plus intensifs en lien avec l'analyse des pangenome, génome maintenant bien assemblés dans des régions très répétées). Votre profil DevOps vous permettra de développer et administrer vos pipelines d'analyse.
Vous collaborerez avec l'autre personne ayant des compétences DevOps de l'unité en lien avec le développement et la mise en production du système d'information GnpIS et des portails de données dans le cadre du groupe de travail infrastructure de la plateforme. Vous vous intégrerez dans les réseaux scientifiques et techniques des infrastructures informatiques (BioinfOmics, IFB, datacenters, ELIXIR). Vous contribuerez à procurer aux usagers de la plateforme des services performants d'annotation de génome et au développement de nouveaux services basés sur les outils et approches d'intégration de connaissances sur les plantes.
Enfin vous vous intègrerez dans les groupes d'animation métier de l'institut (CATI, PEPI) qui vous permettront de contribuer aux actions collectives de montée en capacité en termes d'environnement d'analyses reproductibles.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.